Offre de poste d’ingénieur(e) d’études “Développements méthodologiques pour la protéomique végétale à haut-débit”

• Localisation: Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO), Université Paris- Saclay, IDEEV, Gif-sur-Yvette (91)
• Dates: contrat de 12 mois à partir de mars 2023
• Salaire brut: 2100-2500 € par mois selon le niveau d’expérience

Mots clefs : protéomique, chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC-MS/MS), bioinformatique, logiciel libre, C/C++, machine learning

Contexte

PAPPSO est une plateforme de protéomique visant à fournir aux équipes de recherche des prestations analytiques à haute valeur ajoutée grâce à ses équipements de pointe et ses compétences en bioinformatique des données de spectrométrie de masse. PAPPSO développe en effet depuis de nombreuses années une suite logicielle couvrant tous les aspects de l’analyse protéomique, depuis l’exploitation des données brutes produites par les spectromètres de masse jusqu’aux analyses statistiques des résultats d’identification et de quantification des protéines (http://pappso.inrae.fr/bioinfo/). Parmi ces logiciels, i2MassChroQ est dédié à l’identification et à la quantification des protéines à partir de données LC-MS/MS acquises dans un mode couramment utilisé appelé “data dependent”. PAPPSO souhaite adapter ce logiciel pour qu’il puisse également prendre en charge des données acquises dans un nouveau mode appelé “data independent” faisant intervenir l’intelligence artificielle (machine learning).

Some changes since the last announced version 0.4.61 :

• TIDD: tool-independent and data-dependent machine learning for peptide identification integration
• New ODS output sheet to export all valid PSMs (target and decoy)
• Better interface to select peptide and protein threshold (Evalue, FDR ou SVM probability)
• MassChroqML now contains selection parameters in comments

Development headquarter : ForgeMIA gitlab

Engineer job offer “Methodological developments for high-throughput plant proteomics”

• Location: Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO), Gif-sur-Yvette (France)
• Date: 12 months contract from february 2023
• Gross salary: 2100-2500 € per month depending on the experience

Key words: plant proteomics, liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry (LC-MS/MS), methodological development, data independent analysis, microflow

Context:

PAPPSO (www.pappso.inrae.fr) is a technological facility that aims to provide research teams with high skills and new-advanced equipments in the field of proteomics. For the last ten years, PAPPSO has been receiving more and more frequent requests for the analysis of large cohorts of plant samples (> 100 samples). These requests are all related to research projects in plant breeding or agro-ecology, where methodological approaches necessitating large experimental designs are increasingly turning to the exploitation of omics data collected downstream of the genome. To adress this evolution, PAPPSO needs to develop a new type of analysis in the field of high-throughput plant proteomics.

Some changes since the last announced version 0.4.57 :

• Huge performance enhancement of our TimsTOF raw data reader
• MassChroQ is now shipped in the Windows package
• Better integration of R and MCQR

Huge performance enhancement of our TimsTOF raw data reader

The TimsTOF raw data reader inside i2MassChroQ is now fully paralelized and uses an agressive cache system. On the same computer, previous version did the conversion of one Hela sample (120 minutes) in 1h10 and the current version now does it in 21 minutes using 4 threads. The same sample converted by ProteoWizard using 4 threads last 35 minutes. Identification results given by i2MassChroQ are better than same samples converted by ProteoWizard.

PROTÉOME VERT Days on June 9 and 10, 2022

IDEEV, Université Paris-Saclay, 12 route 128, 91190 Gif-sur-Yvette Rachel Carson room