News on PAPPSO

Journées du Protéome et Peptidome Verts les 1er et 2 juin 2026 à l'Université de Grenoble Alpes

Mon, 02 Feb 2026 00:00:00 +0000

Journées PROTÉOME et PEPTIDOME VERTS des 1er et 2 juin 2026

Bâtiment IMAG, Université Grenoble Alpes, 150 place du Torrent, 38400 Saint-Martin-d’Hères

PAPPSO rejoint l’infrastructure nationale en protéomique ProFI.

Thu, 29 Jan 2026 00:00:00 +0000

Au terme d’un processus d’élargissement visant à intégrer de nouvelles expertises, l’infrastructure nationale en protéomique ProFI intègre la plateforme PAPPSO au 1er janvier 2026.

PAPPSO renforce son engagement pour l’agroécologie avec l’acquisition d’un Orbitrap Astral sur son site de Gif-sur-Yvette.

Thu, 29 Jan 2026 00:00:00 +0000

La transition agroécologique est un enjeu majeur pour une agriculture plus durable et plus respectueuse de l’environnement. Pour y contribuer, il est essentiel de mieux comprendre le fonctionnement des agroécosystèmes, grâce à des recherches interdisciplinaires prenant en compte la diversité génétique des organismes vivants ainsi que leurs interactions multiples en condition in situ, comme par exemple les interactions entre plantes voisines ou entre les plantes et le sol en plein champ. Ces recherches sont généralement basées sur l’intégration de données multi-omiques acquises sur un très grand nombre d’échantillons. Dans ce contexte, la protéomique devient un des outils de phénotypage moléculaire offrant de nouvelles opportunités en agroécologie.

Our R package MCQR is published!

Thu, 05 Jun 2025 00:00:00 +0000

MCQR is an R package R package for the in-depth exploration, processing, and analysis of quantitative proteomics data generated from either data-dependent or data-independent acquisition methods. It has been recently accepted for publication in Journal of Proteome research

Balliau T, Frambourg A, Langella O, Martin ML, Zivy M, Blein-Nicolas M. (2025-06-06) MCQR: Enhancing the Processing and Analysis of Quantitative Proteomics Data by Incorporating Chromatography and Mass Spectrometry Information. J. Proteome Res., 6 (24) 2861-2873

Journées des OMIQUES VEGETALES les 23 et 24 juin 2025 à l'IDEEV.

Thu, 13 Mar 2025 00:00:00 +0000

Journées des OMIQUES VEGETALES les 23 et 24 juin 2025

IDEEV Institut Diversité Écologie et Évolution du Vivant 12 route 128 91190 Gif-sur-Yvette, France

Les plateformes omiques végétales du plateau de Saclay organisent les 23 et 24 juin 2025 un colloque dédié aux approches qu’elles développent : “Les Journées des Omiques Végétales”.

Journées du Protéome Vert les 26 et 27 mai 2025 au centre INRAe de Dijon, 27 rue Sully.

Thu, 13 Mar 2025 00:00:00 +0000

Journées PROTÉOME VERT des 26 et 27 mai 2025

centre INRAe de Dijon, 27 rue Sully.

Les journées Protéome Vert sont ouvertes aux personnes intéressées par la protéomique des plantes. Vous êtes invités à y présenter aussi bien les nouveaux développements méthodologiques dans les domaines de la préparation des échantillons, de la spectrométrie de masse et de l’analyse bioinformatique que les résultats biologiques obtenus grâce à la protéomique. Les journées sont organisées par le réseau Protéome Vert.

i2MassChroQ results in ProteoBench

Thu, 19 Dec 2024 00:00:00 +0000

ProteoBench is an open platform for benchmarking proteomics data analysis workflows.

There several modules each one focusing on a specific Protomics technic:

i2MassChroQ version 1.0.18

Wed, 30 Oct 2024 00:00:00 +0000

Important modifications since 1.0.10 :

Complete support for the Sage identification engine
Integrating a modified version of X!Tandem that can read directly mzML files and TimsTOF raw data
Switch from HTCondor to Slurm for HPC cluster support
Bunch of fix on reported issues
Support for ProteoBench metadata for Sage identifications
Numerous GUI improvements

Complete changelog

Le conseil scientifique des utilisateurs de PAPPSO se tiendra le 23 septembre 2024 en visio

Wed, 04 Sep 2024 00:00:00 +0000

Le conseil scientifique des utilisateurs (CSU) de PAPPSO aura lieu l’après-midi du 23 septembre 2024 et sera ouvert à tous, utilisateurs de la plate-forme ou intéressés par ses activités. Cette demi-journée d’échanges sera accessible en visio via le lien suivant (https://bbb.visio.inrae.fr/b/oli-nt9-82w-eav)

i2MassChroQ version 1.0.10

Fri, 26 Apr 2024 00:00:00 +0000

Important modifications since 1.0.3 :

Export file format for ProteoBench
Windows setup now including X!Tandem executables
Better GUI for statistical analysis using MCQR 0.6.14

Complete changelog

Journées du Protéome Vert les 10 et 11 juin 2023 à l'Institut Agro Montpellier

Thu, 04 Apr 2024 00:00:00 +0000

Journées PROTÉOME VERT des 10 et 11 juin 2023

Institut Agro, Montpellier

i2MassChroQ version 1.0.3

Fri, 22 Dec 2023 00:00:00 +0000

Important modifications since 0.6.2 :

Full MCQR (proteomics R package) integration for XIC and spectral count analysis on label free experiments
Updated user manual
Using PSI ProForma peptide sequence in peptide details view
Full_C13N15 labeling method added

Complete changelog

Le conseil scientifique des utilisateurs de PAPPSO se tiendra le 26 septembre 2023 en visio

Mon, 10 Jul 2023 00:00:00 +0000

Le conseil scientifique des utilisateurs (CSU) de PAPPSO aura lieu le matin du 26 septembre 2023 et sera ouvert à tous, utilisateurs de la plate-forme ou intéressés par ses activités. Cette demi-journée d’informations et de présentations sera accessible en visio via le lien suivant (https://orsay.bbb.cnrs.fr/b/lan-l7m-axe-ais)

ProteoAIX i2MassChroQ and SpecOMS poster

Thu, 22 Jun 2023 00:00:00 +0000

This poster was presented at ProteoAIX 2023.

Using i2MassChroQ to merge identification results from X!Tandem and SpecOMS yields 20% more quantified proteins than MSfragger.

Scoop-it Paris Saclay sur PAPPSO!

Fri, 09 Jun 2023 00:00:00 +0000

Focus Plateforme sur PAPPSO

PAPPSO a fait l’objet d’un Focus Plateforme sur le Scoop.it de l’Université Paris Saclay. L’article est accessible ici

i2MassChroQ version 0.6.3 "ProteoAIX edition"

Thu, 08 Jun 2023 00:00:00 +0000

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.75 :

Passage complet en Qt6 (boite à outils graphique)
Intégration de MSstats : nouvelle interface dédiée utilisant R et MSstats pour fournir les quantités de protéines à partir des intensités de peptides calculées par MassChroQ

Merci à tous les contributeurs.

Journées des Omiques Végétales les 15 et 16 juin 2023

Fri, 14 Apr 2023 00:00:00 +0000

Journées des OMIQUES VEGETALES

Date: 15 et 16 Juin 2023
Lieu: IPS2 - Bâtiment 630, rue de Noetzlin, Plateau du Moulon, 91190 - Gif-sur-Yvette

Les plateformes de l’IPS2 et la plateforme PAPPSO organisent les 15 et 16 juin 2023 un colloque dédié aux approches qu’elles développent : “Les Journées des Omiques Végétales”.

Journées du Protéome Vert les 12 et 13 juin 2023 à l'IDEEV

Fri, 14 Apr 2023 00:00:00 +0000

Journées PROTÉOME VERT des 12 et 13 juin 2023

IDEEV, Université Paris-Saclay, 12 route 128, 91190 Gif-sur-Yvette Salle Rachel Carson

i2MassChroQ version 0.4.75

Thu, 23 Feb 2023 00:00:00 +0000

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.68 :

TimsTOF : nouvel algorithme de correction des dérives en mobilité (considérable amélioration du “match between run”)
TimsTOF : nouvel algorithme de résolution de polynômes pour le calcul des masses (plus rapide et plus précis)
Quelques corrections de bugs dans l’interface graphique

Merci à tous les contributeurs, spécialement à “Sergey Bochkanov” sergey.bochkanov@alglib.net pour ses conseils concernant la résolution de polynômes.

PAPPSO recrute un IE bioinformaticien en CDD pour 1 an

Thu, 05 Jan 2023 00:00:00 +0000

Offre de poste d’ingénieur(e) d’études “Développements méthodologiques pour la protéomique végétale à haut-débit”

Localisation: Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO), Université Paris- Saclay, IDEEV, Gif-sur-Yvette (91)
Dates: contrat de 12 mois à partir de mars 2023
Salaire brut: 2100-2500 € par mois selon le niveau d’expérience

Mots clefs : protéomique, chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC-MS/MS), bioinformatique, logiciel libre, C/C++, machine learning

Contexte

PAPPSO est une plateforme de protéomique visant à fournir aux équipes de recherche des prestations analytiques à haute valeur ajoutée grâce à ses équipements de pointe et ses compétences en bioinformatique des données de spectrométrie de masse. PAPPSO développe en effet depuis de nombreuses années une suite logicielle couvrant tous les aspects de l’analyse protéomique, depuis l’exploitation des données brutes produites par les spectromètres de masse jusqu’aux analyses statistiques des résultats d’identification et de quantification des protéines (http://pappso.inrae.fr/bioinfo/). Parmi ces logiciels, i2MassChroQ est dédié à l’identification et à la quantification des protéines à partir de données LC-MS/MS acquises dans un mode couramment utilisé appelé “data dependent”. PAPPSO souhaite adapter ce logiciel pour qu’il puisse également prendre en charge des données acquises dans un nouveau mode appelé “data independent” faisant intervenir l’intelligence artificielle (machine learning).

i2MassChroQ version 0.4.68

Tue, 22 Nov 2022 00:00:00 +0000

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.61 :

Intégration de TIDD: tool-independent and data-dependent machine learning for peptide identification
Nouvelle sortie ODS avec la liste de tous les PSM valides (target et decoy)
Amélioration de l’interface des paramètres de sélection (Evalue, FDR ou SVM probability)
Ecriture des paramètres de sélection dans les commentaires du MassChroqML

Vous pouvez participer au développement, proposer de nouvelles fonctionnalités ou signaler un bug depuis : ForgeMIA gitlab

PAPPSO recrute un IE en CDD pour 1 an

Fri, 18 Nov 2022 00:00:00 +0000

Offre de poste d’ingénieur(e) d’études “Développements méthodologiques pour la protéomique végétale à haut-débit”

Localisation: Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO), Gif-sur-Yvette (91)
Dates: contrat de 12 mois à partir de février 2023
Salaire brut: 2100-2500 € par mois selon le niveau d’expérience

Mots clefs : protémique végétale, chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC-MS/MS), développement méthodologique, data independent analysis, microdébit

Contexte :

PAPPSO (www.pappso.inrae.fr) est une plateforme technologique visant à fournir aux équipes de recherche des compétences et des équipements de pointe dans le domaine de la protéomique. Depuis une dizaine d’années, PAPPSO reçoit de plus en plus fréquemment des demandes d’analyse de grandes cohortes d’échantillons de plante (> 100 échantillons). Ces demandes sont toutes liées à des projets de recherche en amélioration végétale ou en agro-écologie, où les approches méthodologiques nécessitant de grands dispositifs expérimentaux se tournent de plus en plus vers l’exploitation de données omiques collectées en aval du génome. Pour répondre à cette évolution, PAPPSO souhaite développer un nouveau type d’analyse dans le domaine de la protéomique végétale à haut débit.

i2MassChroQ version 0.4.62

Fri, 24 Jun 2022 00:00:00 +0000

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.57 :

Amélioration des performances des vitesses de lecture des données TimsTOF
Livraison de MassChroQ dans l’installateur Windows
Meilleure intégration de R et MCQR

Amélioration des performances des vitesses de lecture des données TimsTOF

La lecture des données du TimsTOF est maintenant complètement parallèlisée et dispose d’un système de cache agressif qui apporte une grosse amélioration des vitesses de lecture. Sur la même machine, on passe de 1h10 pour la conversion d’un échantillon (Hela 120 minutes) TDF à 21’ en utilisant 4 fils d’exécution. Le même échantillon converti en mzML par ProteoWizard sur 4 fils d’exécution prend 35’ de temps de calcul. Les données converties par i2MassChroQ donnent de meilleures résultats d’identification que les même fichiers TimsTOF convertis au préalable avec ProteoWizard.

Journées du Protéome Vert les 9 et 10 juin 2022 à l'IDEEV

Wed, 01 Jun 2022 00:00:00 +0000

Journées PROTÉOME VERT des 9 et 10 juin 2022

IDEEV, Université Paris-Saclay, 12 route 128, 91190 Gif-sur-Yvette Salle Rachel Carson

Le conseil scientifique des utilisateurs de PAPPSO se tiendra le 16 mai 2022 à l'IDEEV

Mon, 16 May 2022 00:00:00 +0000

Le conseil scientifique des utilisateurs de PAPPSO aura lieu le 16 mai 2022 et sera ouvert à tous, utilisateurs de la plate-forme ou intéressés par ses activités. Cette demi-journée d’informations et de présentations sera accessible en présentiel à l’IDEEV (12 route 128, 91190 Gif-sur-Yvette, salle Rosalind Franklin au rez-de-chaussée) ou en visio via le lien suivant (https://orsay.bbb.cnrs.fr/b/lan-l7m-axe-ais)

le PGD de PAPPSO est disponible!

Thu, 28 Apr 2022 00:00:00 +0000

Le Plan de Gestion des Données de la plateforme est maintenant disponible sur Opidor.

Plan de Gestion des Données PAPPSO.

i2MassChroQ version 0.4.57

Wed, 27 Apr 2022 00:00:00 +0000

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.50 :

Changement de nom du logiciel X!TandemPipeline vers i2MassChroQ
Nouveau manuel d’utilisation disponible en HTML ou PDF
Intégration du module statistique MCQR
Distribution dans le paquet i2MassChroQ du logiciel mzxmlconverter
Distribution dans le paquet i2MassChroQ du logiciel tandemwrapper

mzxmlconverter : conversion des données TimsTOF pro vers mzXML

Cet outil en ligne de commande permet de transformer les données brutes MS2 issues du TimsTOF dans le format standard mzXML. Voir la documentation associée

PAPPSO Moulon emménage à l'IDEEV

Fri, 18 Feb 2022 00:00:00 +0000

Le site du Moulon de PAPPSO vient de s’installer dans ses nouveaux locaux situés à l’intérieur du bâtiment flambant neuf de l’IDEEV. Venez nous rendre visite!

X!TandemPipeline C++ version 0.4.50

Wed, 16 Feb 2022 00:00:00 +0000

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.42 :

Nouveau manuel d’utilisation
Amélioration de l’affichage des spectres annotés
Meilleure intégration de R : analyses basiques de XIC, quantité de proétines intégrée
Amélioration du parser TimsTOF pro TDF
Amélioration de la qualité de mesure des XICs sur le signal du TimsTOF pro (traitement du bruit de fond)
tandemwrapper.exe est inclus dans l’archive (utilitaire pour lancer X!Tandem directement sur les répertoires .d de Bruker)
Correction de bugs d’interface (merci à Kevin ROGER kevin.roger@inserm.fr)
Formule chimique de chaque peptides identifiés ajoutée aux sorties ODS

Vous pouvez participer au développement, proposer de nouvelles fonctionnalités ou signaler un bug depuis : ForgeMIA gitlab

Recrutement de Carine Machado Rodrigues sur le site PAPPSO Jouy

Sun, 21 Nov 2021 00:00:00 +0000

PAPPSO Jouy accueil une nouvelle ingénieure analyste en spectrométrie de masse à partir du 22 octobre 2021. Bienvenue Carine!

MassChroQ 2.4.3 Caïman à lunettes

Wed, 17 Nov 2021 00:00:00 +0000

MassChroQ version 2.4.3 “Caïman à lunettes” est disponible.

Cette nouvelle version apporte :

La correction d’un bug important affectant le “match between run”
De nombreuses améliorations en temps de calcul
Une refonte du code permettant la quantification sur les données du timsTOF pro, avec la prise en charge de la mobilité.
De nouvelles informations concernant la qualité de la détection des pics sur les XICs

La qualité de détection des pics est indiquée pour chaque XIC avec les valeurs suivantes :

aa: meilleure qualité possible : plusieurs fragmentation MS2 et un seul pic détecté directement
a: bonne qualité, une seule fragmentation MS2, un seul pic
ab: plusieurs fragmentation MS2, mais plusieurs pics, on a pris le pic le plus grand (aire), le pic est visiblement fragmenté... un signe pour vérifier les paramètres de détection de pics
b: pic obtenu par "match between run" sur le temps de rétention moyen aligné
pm: pic obtenu à la fin en post matching (les temps de rétention recalculés grâce aux pics aa, a, ab, b)
missed: pas de pic détecté

X!TandemPipeline C++ version 0.4.42

Wed, 17 Nov 2021 00:00:00 +0000

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.27 :

Meilleure prise en charge des données du timsTOF pro : amélioration des performances, visualisation et export de nouvelles données (fenêtre de mobilité 1/K0, énergie de collision)
Intégration de MassChroQ 2.4.3, prise en charge du timsTOF pro pour la quantification des peptides.
Identification de peptides avec X!Tandem directement sur les données du timsTOF.

visualisation de spectres MS/MS timsTOF pro

4 ème symposium de métaprotéomique au Luxembourg

Fri, 15 Oct 2021 00:00:00 +0000

PAPPSO a participé au 4ème symposium de Métaproteomique (luxembourg, 27-29 septembre 2021) et a présenté ses résultats de biomarqueurs potentiels de maladies inflamatoires chroniques des intestins (MICIs).

Metaproteomics Initiative

Fri, 15 Oct 2021 00:00:00 +0000

PAPPSO est de nouveau élu au bureau de “Metaproteomics Initiative” (https://metaproteomics.org/ & https://twitter.com/MetaP_Init)

X!TandemPipeline C++ version 0.4.27

Fri, 02 Apr 2021 00:00:00 +0000

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.3 :

Prise en charge native du format de données TDF du TimsTofPRO : identification avec X!Tandem, visualisation de spectres MS2, extraction de XICs
Adaptation aux données de mobilité ionique
Paramétrage complet de la quantification avec MassChroQ
Amélioration de la lecture du format mzIdentML
Amélioration des interfaces graphiques

Merci beaucoup à toutes l’équipe PAPPSO pour ces améliorations et notamment à Thomas Renne, apprenti en bioinformatique, qui a développé la plupart des ces nouvelles fonctionnalités.

PAPPSO participe à la "COVID-19 Mass Spectrometry Coalition" et apporte son expertise à plusieurs projets de recherche concernant le SARS-CoV-2

Fri, 24 Apr 2020 00:00:00 +0000

PAPPSO adhère à l’initiative COVID-19 Mass Spectrometry Coalition initiée par la British Mass Spectrometry Society et dont l’objectif est d’utiliser la spectrométrie de masse pour lutter contre le virus SARS-Cov2. Les échantillons, expertises, données et protocoles seront partagés entre les chercheurs et ingénieurs massistes pour optimiser et accélérer le développement de méthodes de diagnostic ou de caractérisation et de suivi du virus.

X!TandemPipeline C++ version 0.4.3

Mon, 13 Apr 2020 00:00:00 +0000

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.2.38 :

meilleur affichage des aires de XICs
nouvelle fenêtre pour afficher la liste des échantillons : accès aux paramètres de l’identification, contrôle qualité des échantillons…
amélioration de l’export en masschroqML avec la possibilité de choisir manuellement le run MS a utilisé comme référence pour l’alignement, ainsi qu’un algorithme automatique pour choisir le meilleur MS run a utilisé.
support de la version modifiée de X!Tandem TPP (utilisée pour la création de bibliothèque de référence en DIA)
nouvelle bibliothèque PAPPSOms++ apportant des filtres de spectres plus performants
bug fix dans l’export en masschroqML : la méthode d’extraction de XIC (sum ou max) n’était pas prise en compte

Merci beaucoup à toutes l’équipe PAPPSO pour ces améliorations et notamment à Thomas Renne, apprenti en bioinformatique, qui a développé la plupart des ces nouvelles fonctionnalités.

Offre de stage (2 mois)

Wed, 04 Mar 2020 00:00:00 +0000

Développement de nouvelles méthodes d’acquisitions de spectrométrie de masse pour l’analyse protéomique

Niveau de qualification: BAC+2
Date prévisionnelle de démarrage: à définir
Durée du stage: 2 mois
Lieu du stage: INRAE PAPPSO - 78350 Jouy en Josas
Contact: lydie.oliveira-correia@inrae.fr

Environnement

La Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris-Sud Ouest (PAPPSO), spécialisée dans les questions de protéomique par spectrométrie de masse, réunit deux sites complémentaires chacun orienté vers des thématiques propres : l’un situé au Moulon (Gif-sur-Yvette) expert en biologie végétale, l’autre à l’INRA de Jouy-en-Josas expert dans l’analyse d’organismes procaryotes ou eucaryotes où le stage proposé sera réalisé. PAPPSO est certifié ISO 9001 et est labélisé Infrastructure Scientifique Collective (ISC) par l’INRA et IbiSA (Infrastructure biologie santé et agronomie, label inter organisme de recherche).

X!TandemPipeline C++ version 0.2.38

Wed, 19 Jun 2019 00:00:00 +0000

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.2.36 :

amélioration de l’export en masschroqML avec la possibilité de choisir manuellement le run MS a utilisé comme référence pour l’alignement, ainsi qu’un algorithme automatique pour choisir le meilleur MS run a utilisé.
support de la version modifiée de X!Tandem TPP (utilisée pour la création de bibliothèque de référence en DIA)
nouvelle bibliothèque PAPPSOms++ apportant des filtres de spectres plus performants
bug fix dans l’export en masschroqML : la méthode d’extraction de XIC (sum ou max) n’était pas prise en compte

Merci beaucoup à Marlène Davanture et Thierry Balliau d’avoir signalé le problème du sum/max dans l’export masschroqML.

X!TandemPipeline C++ version 0.2.36

Thu, 18 Apr 2019 00:00:00 +0000

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.2.32 :

Adaptation aux petits écrans. Un ascenceur s’affiche automatiquement dans certaines fenêtres si l’écran est trop petit pour que l’on puisse valider les paramètres.
Choix de la méthode de calcul des intensités de XICs. “sum” calcule la somme des intensités dans l’intervalle de précision donnée, “max” prend uniquement l’intensité maximum dans cette même intervalle.
Nouvelle fenêtre pour le édition des paramètres “globaux” (edit => settings). Dans cette fenêtre, on peut choisir la méthode d’extraction des XICs. L’une est très rapide, mais exige une espace disque temporaire important “buffered”. L’autre est plus lente, mais ne requiert pas d’espace disque supplémentaire “direct”.
Amélioration des exports au format ODS. Ajout des delta de masse en “ppm” dans l’onglet “spectra”.
Modification des fenêtres “protein list” et “peptide list”. Un nouveau menu permet de sélectionner les protéines/peptides “valides”, “vérifiées” ou “groupées”, ainsi que l’export de la vue directement sous forme tabulée. Les régions flanquantes des peptides sont maintenant affichées.
Amélioration de l’import des fichiers X!Tandem avec la prise en compte des “point mutations”
Nouveau filtre de sélection des peptides valides “peprepro”. Ce paramètre permet de ne prendre en compte les peptides qu’à partir du momment où ils ont été vu au moins dans “n” MS runs différents.
Amélioration de l’export en PROTICdbML
Nouveau contrôle pour aider à l’utilisation de X!Tandem

Merci à Solenne Chardonnet, Cédric Pionneau, Valérie Briard-Bion, Julien Jardin et à toute l’équipe PAPPSO pour leurs contributions.

PAPPSO membre du GDR BPTM : Modifications Post-Traductionnelles Bactériennes

Wed, 10 Apr 2019 00:00:00 +0000

PAPPSO est membre du Groupement de Recherche sur les modifications post traductionnelles chez les bactéries. GDR

La plateforme de protéomique PAPPSO partenaire du projet européen CHASSY

Tue, 26 Mar 2019 00:00:00 +0000

PAPPSO est partenaire dans projet européen CHASSY, vidéo dédié à l’utilisation de levures pour la production de composants à haute valeur ajoutée pour les secteurs de la cosmétique, de la nutrition, de la chimie et de la pharmacie site web CHASSY, site INRA

La plateforme de protéomique PAPPSO co-organise la session 2019 des journées du Protéome Vert

Wed, 20 Feb 2019 00:00:00 +0000

Les journées du Protéome Vert 2019 se tiendront l’après-midi du lundi 3 et le matin du mardi 4 juin à AgroParisTech.

X!TandemPipeline C++ version 0.2.32

Thu, 14 Feb 2019 00:00:00 +0000

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.2.31 :

nouvelle possibilité de sélection de la précision de masse en utilisant la résolution
bug à l’export des fichiers FASTA corrigé

Corrections de problèmes d’affichage dans la version Windows :

X!TandemPipeline C++ version 0.2.31

Wed, 30 Jan 2019 00:00:00 +0000

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.2.28 :

de nouveaux exports au format FASTA sont disponibles. On peut exporter toutes les protéines valides et groupées, ou seulement une protéine par sous groupe, ou seulement une protéine par groupe.
dans les exports ODS/TSV, un nouveau tableau dédié à la peptidomique est disponible. Il affiche le nombre de spectres identifiés par peptide et par échantillon, ce qui permet de les comparer facilement.
une nouvelle boite de dialogue pour configurer les analyses de quantification avec MassChroQ est dispobible. On peut choisir facilement tous les paramètres importants comme l’extraction des XICs, la détection des pics, l’alignement… et aussi vérifier l’emplacement des fichiers MS runs ou choisir le nom des fichiers de sortie.
une légende est affichée dans le graphique représentant les massifs isotopique pour reconnaitre le massif mesuré réellement et le massif théorique, calculé avec la formule chimique du peptide.

X!TandemPipeline homepage

X!TandemPipeline C++ version 0.2.28

Fri, 07 Dec 2018 09:00:00 +0600

Since last announced 0.2.22 version, many features has been added :

bug fix on the protein Evalue computation (the protein Evalue was too severe)
automatic check for new version available online
new feature to choose tabulated text or ODS for spreadsheet formats
better windows integration (icons)
more tests and controls to help user to configure the external program X!Tandem
better Mascot dat parser
graphical bug fix on the size of text (to avoid shrinking)

X!TandemPipeline homepage

Atelier PAPPSO - "Les outils bioinformatiques d'analyse des données de protéomique développés par la plateforme PAPPSO"

Wed, 03 Oct 2018 09:00:00 +0600

La plateforme PAPPSO organise du 19 au 22 novembre 2018 un atelier sur les outils bioinfo qu’elle a développés pour la protéomique.

MassChroQ version 2.2.12 Black Caiman, Albi edition

Sat, 22 Sep 2018 09:00:00 +0600

This is a major release of MassChroQ. This will be presented at the joint congress of the SFEAP and SEProt in Albi from 9 to 12 october 2018. This version allows efficient work on huge datasets : 250 samples of high complexity (gut microbiota) and high resolution (Lumos) can be aligned and quantified in 2 days (more than 1 million of XICs for each sample).

X!TandemPipeline C++ version 0.2.22, Albi edition

Mon, 03 Sep 2018 09:00:00 +0600

This new version of X!TandemPipeline contains several fixes such as column titles and descriptions in the user interface. This version that will be presented at the joint congress of the SFEAP and SEProt in Albi from 9 to 12 october 2018

X!TandemPipeline C++ version 0.2.18

Thu, 05 Jul 2018 09:00:00 +0600

X!TandemPipeline supports now more identification engines. It suports now :

X!Tandem
mascot
OMSSA
SEQUEST
Comet
Morpheus
MSGFplus

Identification engines specific scores, such as Mascot scores, peptide prophet probalities, MS-GF raw score, OMSSA E-value, Comet XCorr… are displayed (if needed).

MassChroQ 2.2.7 Black Caiman

Mon, 16 Apr 2018 09:00:00 +0600

The MassChroQ version 2.2.7 called “Black Caiman” is now available. This version brings a new “ondisk” option that saves computer memory during post matching. MassChroQ is now able to align and quantify hundreds of very high resolution MS runs on a standard computer.

MassChroQ 2.2.1 Black Caiman

Tue, 04 Apr 2017 09:00:00 +0600

The MassChroQ version 2.2.1 called “Black Caiman” is now available.

This version brings natural isotope support to MassChroQ and a new matching algorithm. It requires less memory while computing faster. The natural isotope support brings more reliability to the results while decreasing the number of missing values.

News

Mon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000