La transition agroécologique est un enjeu majeur pour une agriculture plus durable et plus respectueuse de l’environnement. Pour y contribuer, il est essentiel de mieux comprendre le fonctionnement des agroécosystèmes, grâce à des recherches interdisciplinaires prenant en compte la diversité génétique des organismes vivants ainsi que leurs interactions multiples en condition in situ, comme par exemple les interactions entre plantes voisines ou entre les plantes et le sol en plein champ. Ces recherches sont généralement basées sur l’intégration de données multi-omiques acquises sur un très grand nombre d’échantillons. Dans ce contexte, la protéomique devient un des outils de phénotypage moléculaire offrant de nouvelles opportunités en agroécologie.