• The Plant Omics Days, 15th and 16 June 2023

    The Plant Omics Days

    • Date: 15 and 16 June 2023
    • Place: IPS2 - Building 630, rue de Noetzlin, Plateau du Moulon, 91190 - Gif-sur-Yvette

    The IPS2 platforms and PAPPSO are organising a conference dedicated to the approaches they are developing on 15 and 16 June 2023: “The Plant Omics Days”.

  • i2MassChroQ version 0.4.75

    Important modifications since 0.4.68 :

    • TimsTOF : new mobility drift correction algorithm (considerable improvement of the Match Between Run efficiency)
    • TimsTOF : new polynomial solver required to compute m/z from Time Of Flights values (faster and more accurate)
    • Bunch of GUI bug fix

    Thanks to all contributors, specially to “Sergey Bochkanov” sergey.bochkanov@alglib.net for his wise advices concerning polynomial solvers.

  • PAPPSO recrute un IE bioinformaticien en CDD pour 1 an

    PAPPSO recrute un IE bioinformaticien en CDD pour 1 an

    Offre de poste d’ingénieur(e) d’études “Développements méthodologiques pour la protéomique végétale à haut-débit”

    • Localisation: Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO), Université Paris- Saclay, IDEEV, Gif-sur-Yvette (91)
    • Dates: contrat de 12 mois à partir de mars 2023
    • Salaire brut: 2100-2500 € par mois selon le niveau d’expérience

    Mots clefs : protéomique, chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC-MS/MS), bioinformatique, logiciel libre, C/C++, machine learning

    Contexte

    PAPPSO est une plateforme de protéomique visant à fournir aux équipes de recherche des prestations analytiques à haute valeur ajoutée grâce à ses équipements de pointe et ses compétences en bioinformatique des données de spectrométrie de masse. PAPPSO développe en effet depuis de nombreuses années une suite logicielle couvrant tous les aspects de l’analyse protéomique, depuis l’exploitation des données brutes produites par les spectromètres de masse jusqu’aux analyses statistiques des résultats d’identification et de quantification des protéines (http://pappso.inrae.fr/bioinfo/). Parmi ces logiciels, i2MassChroQ est dédié à l’identification et à la quantification des protéines à partir de données LC-MS/MS acquises dans un mode couramment utilisé appelé “data dependent”. PAPPSO souhaite adapter ce logiciel pour qu’il puisse également prendre en charge des données acquises dans un nouveau mode appelé “data independent” faisant intervenir l’intelligence artificielle (machine learning).