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The Plant Omics Days Date: 15 and 16 June 2023 Place: IPS2 - Building 630, rue de Noetzlin, Plateau du Moulon, 91190 - Gif-sur-Yvette The IPS2 platforms and PAPPSO are organising a conference dedicated to the approaches they are developing on 15 and 16 June 2023: “The Plant Omics Days”.

Important modifications since 0.4.68 : TimsTOF : new mobility drift correction algorithm (considerable improvement of the Match Between Run efficiency) TimsTOF : new polynomial solver required to compute m/z from Time Of Flights values (faster and more accurate) Bunch of GUI bug fix Thanks to all contributors, specially to “Sergey Bochkanov” sergey.

Offre de poste d’ingénieur(e) d’études “Développements méthodologiques pour la protéomique végétale à haut-débit” Localisation: Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO), Université Paris- Saclay, IDEEV, Gif-sur-Yvette (91) Dates: contrat de 12 mois à partir de mars 2023 Salaire brut: 2100-2500 € par mois selon le niveau d’expérience Mots clefs : protéomique, chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC-MS/MS), bioinformatique, logiciel libre, C/C++, machine learning Contexte PAPPSO est une plateforme de protéomique visant à fournir aux équipes de recherche des prestations analytiques à haute valeur ajoutée grâce à ses équipements de pointe et ses compétences en bioinformatique des données de spectrométrie de masse.

Some changes since the last announced version 0.4.61 : TIDD: tool-independent and data-dependent machine learning for peptide identification integration New ODS output sheet to export all valid PSMs (target and decoy) Better interface to select peptide and protein threshold (Evalue, FDR ou SVM probability) MassChroqML now contains selection parameters in comments Development headquarter : ForgeMIA gitlab

Engineer job offer “Methodological developments for high-throughput plant proteomics” • Location: Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO), Gif-sur-Yvette (France) • Date: 12 months contract from february 2023 • Gross salary: 2100-2500 € per month depending on the experience Key words: plant proteomics, liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry (LC-MS/MS), methodological development, data independent analysis, microflow Context: PAPPSO (www.