Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.50 :

• Changement de nom du logiciel X!TandemPipeline vers i2MassChroQ
• Nouveau manuel d’utilisation disponible en HTML ou PDF
• Intégration du module statistique MCQR
• Distribution dans le paquet i2MassChroQ du logiciel mzxmlconverter
• Distribution dans le paquet i2MassChroQ du logiciel tandemwrapper

mzxmlconverter : conversion des données TimsTOF pro vers mzXML

Cet outil en ligne de commande permet de transformer les données brutes MS2 issues du TimsTOF dans le format standard mzXML. Voir la documentation associée

Le site du Moulon de PAPPSO vient de s’installer dans ses nouveaux locaux situés à l’intérieur du bâtiment flambant neuf de l’IDEEV. Venez nous rendre visite!

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.42 :

• Nouveau manuel d’utilisation
• Amélioration de l’affichage des spectres annotés
• Meilleure intégration de R : analyses basiques de XIC, quantité de proétines intégrée
• Amélioration du parser TimsTOF pro TDF
• Amélioration de la qualité de mesure des XICs sur le signal du TimsTOF pro (traitement du bruit de fond)
• tandemwrapper.exe est inclus dans l’archive (utilitaire pour lancer X!Tandem directement sur les répertoires .d de Bruker)
• Correction de bugs d’interface (merci à Kevin ROGER kevin.roger@inserm.fr)
• Formule chimique de chaque peptides identifiés ajoutée aux sorties ODS

Vous pouvez participer au développement, proposer de nouvelles fonctionnalités ou signaler un bug depuis : ForgeMIA gitlab

PAPPSO Jouy accueil une nouvelle ingénieure analyste en spectrométrie de masse à partir du 22 octobre 2021. Bienvenue Carine!

MassChroQ version 2.4.3 “Caïman à lunettes” est disponible.

Cette nouvelle version apporte :

• La correction d’un bug important affectant le “match between run”
• De nombreuses améliorations en temps de calcul
• Une refonte du code permettant la quantification sur les données du timsTOF pro, avec la prise en charge de la mobilité.
• De nouvelles informations concernant la qualité de la détection des pics sur les XICs

La qualité de détection des pics est indiquée pour chaque XIC avec les valeurs suivantes :

aa

meilleure qualité possible : plusieurs fragmentation MS2 et un seul pic détecté directement

a

bonne qualité, une seule fragmentation MS2, un seul pic

ab

plusieurs fragmentation MS2, mais plusieurs pics, on a pris le pic le plus grand (aire), le pic est visiblement fragmenté... un signe pour vérifier les paramètres de détection de pics

b

pic obtenu par "match between run" sur le temps de rétention moyen aligné

pm

pic obtenu à la fin en post matching (les temps de rétention recalculés grâce aux pics aa, a, ab, b)

missed

pas de pic détecté