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L’orbitrap astral (Thermo Fisher Scientific) est un spectromètre de masse de nouvelle génération combinant trois analyseurs fonctionnant en parallèle : un quadrupôle optimisé pour une transmission ionique élevée et une sélection rapide, un Orbitrap offrant une résolution pouvant atteindre 480 000 avec une précision inférieure à 1 ppm, et l’analyseur Astral, basé sur une technologie TOF multiréflexion permettant des acquisitions MS/MS jusqu’à 200 Hz.Cette architecture parallèle associe rapidité, sensibilité et haute résolution, avec une capacité d’analyse pouvant atteindre 180 échantillons par jour et une couverture protéomique de plus de 12 000 protéines en une heure dans des cellules humaines. L’instrument présente également une sensibilité adaptée aux analyses single-cell, avec plusieurs milliers de protéines potentiellement identifiables à partir d’une cellule.

Le spectromètre de masse TimsTOF Pro (Bruker) est doté d’un module de mobilité ionique (Tims) qui permet d’accéder à une 4ème dimension : la mobilité ionique (les trois dimensions classiquement obtenues étant le temps de rétention (RT), la masse des ions (m/z) et l’intensité des ions). Cette mobilité ionique permet par exemple, de différencier des peptides isobares portant des modifications post-traductionnelles. La très grande vitesse d’acquisition et la sensibilité de ce spectromètre de masse vont permettre de réduire les temps d’injection et les quantités d’échantillons analysées (à partir de 10 ng d’échantillon), tout en maintenant un très haut niveau d’identification et de quantification des protéines dans des échantillons complexes. L’achat de ce spectromètre de masse s’est accompagné d’un investissement dans un logiciel de traitement des données de mobilité ionique : PEAKS (Bioinformatics Solutions Inc.). PAPPSO implémente également cette mobilité ionique dans ses outils.

La plate forme PAPPSO a fait l’acquisition, en décembre 2015, du premier spectromètre de masse Orbitrap Fusion Lumos tribrid installé en France. Ce spectromètre de masse de dernière génération est doté de trois analyseurs (quadrupole, trappe, orbitrap), de trois modes de fragmentation (CID, HCD, ETD) et dispose ainsi d’une très grande versatilité d’analyse. Le mode de fragmentation ETD HD (High Definition ETD), unique à la gamme Lumos, permet d’augmenter la couverture des ions issus de fragmentation ETD.

Cet appareil offre une grande vitesse d’acquisition à haute résolution (MS et MS/MS). Il est utilisé dans l’analyse de mélanges protéiques très complexes (identification et quantification) ou pour la détermination de modifications post-traductionnelles.

La plateforme dispose d’un système chromatographique pour la séparation des protéines/peptides en amont de l’analyse en LC-MS/MS:

• Low pressure system (HPLC Prominence, Shimadzu)
  

Elle est principalement utilisée pour la séparation des peptides phosphorylés par chromatographie d’échange de cations (SCX).