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  • X!TandemPipeline C++ version 0.4.50

    Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.42 :

    • Nouveau manuel d’utilisation
    • Amélioration de l’affichage des spectres annotés
    • Meilleure intégration de R : analyses basiques de XIC, quantité de proétines intégrée
    • Amélioration du parser TimsTOF pro TDF
    • Amélioration de la qualité de mesure des XICs sur le signal du TimsTOF pro (traitement du bruit de fond)
    • tandemwrapper.exe est inclus dans l’archive (utilitaire pour lancer X!Tandem directement sur les répertoires .d de Bruker)
    • Correction de bugs d’interface (merci à Kevin ROGER kevin.roger@inserm.fr)
    • Formule chimique de chaque peptides identifiés ajoutée aux sorties ODS

    Vous pouvez participer au développement, proposer de nouvelles fonctionnalités ou signaler un bug depuis : ForgeMIA gitlab

  • X!TandemPipeline C++ version 0.4.42

    X!TandemPipeline C++ version 0.4.42

    Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.27 :

    • Meilleure prise en charge des données du timsTOF pro : amélioration des performances, visualisation et export de nouvelles données (fenêtre de mobilité 1/K0, énergie de collision)
    • Intégration de MassChroQ 2.4.3, prise en charge du timsTOF pro pour la quantification des peptides.
    • Identification de peptides avec X!Tandem directement sur les données du timsTOF.
    visualisation de spectres MS/MS timsTOF pro

    visualisation de spectres MS/MS timsTOF pro

  • MassChroQ 2.4.3 Caïman à lunettes

    MassChroQ 2.4.3 Caïman à lunettes

    MassChroQ version 2.4.3 “Caïman à lunettes” est disponible.

    Cette nouvelle version apporte :

    • La correction d’un bug important affectant le “match between run”
    • De nombreuses améliorations en temps de calcul
    • Une refonte du code permettant la quantification sur les données du timsTOF pro, avec la prise en charge de la mobilité.
    • De nouvelles informations concernant la qualité de la détection des pics sur les XICs

    La qualité de détection des pics est indiquée pour chaque XIC avec les valeurs suivantes :

    aa
    meilleure qualité possible : plusieurs fragmentation MS2 et un seul pic détecté directement
    a
    bonne qualité, une seule fragmentation MS2, un seul pic
    ab
    plusieurs fragmentation MS2, mais plusieurs pics, on a pris le pic le plus grand (aire), le pic est visiblement fragmenté... un signe pour vérifier les paramètres de détection de pics
    b
    pic obtenu par "match between run" sur le temps de rétention moyen aligné
    pm
    pic obtenu à la fin en post matching (les temps de rétention recalculés grâce aux pics aa, a, ab, b)
    missed
    pas de pic détecté