mineXpert2 est un logiciel libre sous license GPLv3+ qui facilite la visualisation et l’exploration de données de spectrometrie de masse MSⁿ.

Le logiciel a fait l’objet de la publication suivante:

Langella O, Rusconi F. (2021) mineXpert2: Full-Depth Visualization and Exploration of MSn Mass Spectrometry Data. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 4 (32) 1138-1141

Principales fonctionnalités

  • Manuel de l’utilisateur très détaillé aux formats

  • Charge un nombre arbitraire de fichiers de spectrométrie de masse, soit entièrement en mémoire soit en flux (utile si les données sont plus grandes que la mémoire disponible);

  • Une session d’exploration des données typiques comporterait les étapes suivantes:

    • Ouvrir un fichier de spectrométrie de masse (le logiciel calcule automatique le chromatogramme TIC). Si les données proviennent d’une expérience de spectrométrie de masse à mobilité ionique (IM-MS), déclencher une intégration vers une carte de couleurs intensité=f(dt,m/z). Le chromatogramme TIC et la carte de couleurs peuvent être utilisés comme des points de départ pour l’exploration des données.

    • Pratiquer un grand nombre d’intégrations, vers un spectre de masse, un spectre de dérive, un chromatogramme TIC, des cartes de couleurs reliant m/z avec temps de rétention ou m/z avec temps de dérive ou temps de dérive avec temps de rétention. À chaque fois qu’une intégration est pratiquée, les résultats obtenus sont affichés dans la fenêtre correspondante, soit dans un nouveau widget de graphique soit un un widget existant (selon la configuration pour cette intégration). Chaque nouveau graphe (que ce soit un chromatogramme TIC, un spectre de masse, un spectre de dérive ou encore tout type de carte de couleurs) peut servir de point de départ pour une nouvelle intégration, soit vers des données du même type soir vers des données d’un autre type. Différentes intégrations pratiquées en séquence permettent donc l’élaboration de processus d’exploration des données qui explorent les données à chaque fois plus en profondeur.

  • Chaque graphe possède des fonctionnalités spécifiques qui lui sont associées: duplication de graphe, filtrage, fit gaussien, combinaisons de nouveaux résulats d’intégration (soit additives soit soustractives), export au format (x,y), enregistrement automatique des données d’intérêt signalées par l’utilisateur dans un fichier selon une syntaxe prédéfinie.

  • Une vue tabulée de tout le jeu de données d’un fichier donnée permet de filtrer les données selon des critères qui peuvent être combinés logiquement pour définir des opérations de filtrage hautement stringentes (temps de rétentin, mobilité ionique, niveau MS, valeur m/z de l’ion précurseur, charge de l’ion précurseur, par exemple). Une fois que le jeu de données initial a été réduit à un sous-groupe de spectres de masse, l’utilisateur peut en sélectionner pour effectuer des integrations vers n’importe lequel des graphes mentionnés plus haut.

  • Des vues de données flexibles|puissantes sont disponibles pour permettre des comparaisons de données sophistiquées tant dans le même jeu de données qu’entre de multiples jeux de données.

  • Le module IsoSpec permet d’effectuer des calculs de massif isotopique et former des pics de masse à partir des valeurs de centroide m/z. On modélise ainsi tout le spectre de masse qui comporte le massif isotopique. Ce spectre de masse théorique peut ensuite être affiché dans un widget de graphe au même titre que tous les autres spectres de masse, ce qui permet de comparer des données théoriques avec des données expérimentales.

  • Disponible sous forme de paquets binaires précompilés pour Linux/Win10/macOS (voir paquets binaires).