PAPPSO propose les prestations suivantes sur des matrices végétales, animales, des micro-organismes, des surnageants de culture, des coupes de micro-dissection laser ou des vésicules extracellulaires. Ces prestations peuvent être réalisées dans le cadre d’une activité de service facturée, d’un contrat de recherche ou d’un contrat de partenariat public-privé (toutes les prestations ne sont pas disponibles en activité de service).

  • Prestations d’analyse peptidomique :

    • Identification et quantification relative ou absolue de peptides endogènes

  • Prestations d’analyse protéomique :

    • Identification et caractérisation de protéines purifiées ou en mélange peu complexe
    • Identification et quantification relative, globale ou ciblée, de protéines en mélange complexe
    • Identification et quantification relative de modifications post-traductionnelles (e.g. phosphorylation, acétylation N-terminale)
    • Recherche d’interactants protéiques après co-immunoprécipitation ou marquage de proximité

  • Prestations d’analyse métaprotéomique :

    • Analyse quantitative globale de protéomes de communautés microbiennes (e.g microbiote intestinal ou de la rhizosphère)

Nos prestations englobent :

  • Le conseil à la préparation des échantillons et à la construction du plan expérimental (extraction sur matrices végétales et microbiote : nous consulter)
  • La préparation des échantillons pour l’analyse par spectrométrie de masse
  • L’acquisition des données par spectrométrie de masse en mode DDA (data dependent acquisition) ou DIA (data independent acquisition)
  • Le traitement bioinformatique et l’analyse statistique des données
  • L’accompagnement à la valorisation des résultats (chargement des données sur les dépôts publics dédiés, contribution à la rédaction des articles)