Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.2.38 :

• meilleur affichage des aires de XICs
• nouvelle fenêtre pour afficher la liste des échantillons : accès aux paramètres de l’identification, contrôle qualité des échantillons…
• amélioration de l’export en masschroqML avec la possibilité de choisir manuellement le run MS a utilisé comme référence pour l’alignement, ainsi qu’un algorithme automatique pour choisir le meilleur MS run a utilisé.
• support de la version modifiée de X!Tandem TPP (utilisée pour la création de bibliothèque de référence en DIA)
• nouvelle bibliothèque PAPPSOms++ apportant des filtres de spectres plus performants
• bug fix dans l’export en masschroqML : la méthode d’extraction de XIC (sum ou max) n’était pas prise en compte

Merci beaucoup à toutes l’équipe PAPPSO pour ces améliorations et notamment à Thomas Renne, apprenti en bioinformatique, qui a développé la plupart des ces nouvelles fonctionnalités.

Développement de nouvelles méthodes d’acquisitions de spectrométrie de masse pour l’analyse protéomique

• Niveau de qualification: BAC+2
• Date prévisionnelle de démarrage: à définir
• Durée du stage: 2 mois
• Lieu du stage: INRAE PAPPSO - 78350 Jouy en Josas
• Contact: lydie.oliveira-correia@inrae.fr

Environnement

La Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris-Sud Ouest (PAPPSO), spécialisée dans les questions de protéomique par spectrométrie de masse, réunit deux sites complémentaires chacun orienté vers des thématiques propres : l’un situé au Moulon (Gif-sur-Yvette) expert en biologie végétale, l’autre à l’INRA de Jouy-en-Josas expert dans l’analyse d’organismes procaryotes ou eucaryotes où le stage proposé sera réalisé. PAPPSO est certifié ISO 9001 et est labélisé Infrastructure Scientifique Collective (ISC) par l’INRA et IbiSA (Infrastructure biologie santé et agronomie, label inter organisme de recherche).

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.2.36 :

• amélioration de l’export en masschroqML avec la possibilité de choisir manuellement le run MS a utilisé comme référence pour l’alignement, ainsi qu’un algorithme automatique pour choisir le meilleur MS run a utilisé.
• support de la version modifiée de X!Tandem TPP (utilisée pour la création de bibliothèque de référence en DIA)
• nouvelle bibliothèque PAPPSOms++ apportant des filtres de spectres plus performants
• bug fix dans l’export en masschroqML : la méthode d’extraction de XIC (sum ou max) n’était pas prise en compte

Merci beaucoup à Marlène Davanture et Thierry Balliau d’avoir signalé le problème du sum/max dans l’export masschroqML.

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.2.32 :

• Adaptation aux petits écrans. Un ascenceur s’affiche automatiquement dans certaines fenêtres si l’écran est trop petit pour que l’on puisse valider les paramètres.
• Choix de la méthode de calcul des intensités de XICs. “sum” calcule la somme des intensités dans l’intervalle de précision donnée, “max” prend uniquement l’intensité maximum dans cette même intervalle.
• Nouvelle fenêtre pour le édition des paramètres “globaux” (edit => settings). Dans cette fenêtre, on peut choisir la méthode d’extraction des XICs. L’une est très rapide, mais exige une espace disque temporaire important “buffered”. L’autre est plus lente, mais ne requiert pas d’espace disque supplémentaire “direct”.
• Amélioration des exports au format ODS. Ajout des delta de masse en “ppm” dans l’onglet “spectra”.
• Modification des fenêtres “protein list” et “peptide list”. Un nouveau menu permet de sélectionner les protéines/peptides “valides”, “vérifiées” ou “groupées”, ainsi que l’export de la vue directement sous forme tabulée. Les régions flanquantes des peptides sont maintenant affichées.
• Amélioration de l’import des fichiers X!Tandem avec la prise en compte des “point mutations”
• Nouveau filtre de sélection des peptides valides “peprepro”. Ce paramètre permet de ne prendre en compte les peptides qu’à partir du momment où ils ont été vu au moins dans “n” MS runs différents.
• Amélioration de l’export en PROTICdbML
• Nouveau contrôle pour aider à l’utilisation de X!Tandem

Merci à Solenne Chardonnet, Cédric Pionneau, Valérie Briard-Bion, Julien Jardin et à toute l’équipe PAPPSO pour leurs contributions.

PAPPSO est membre du Groupement de Recherche sur les modifications post traductionnelles chez les bactéries. GDR