Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.3 :

• Prise en charge native du format de données TDF du TimsTofPRO : identification avec X!Tandem, visualisation de spectres MS2, extraction de XICs
• Adaptation aux données de mobilité ionique
• Paramétrage complet de la quantification avec MassChroQ
• Amélioration de la lecture du format mzIdentML
• Amélioration des interfaces graphiques

Merci beaucoup à toutes l’équipe PAPPSO pour ces améliorations et notamment à Thomas Renne, apprenti en bioinformatique, qui a développé la plupart des ces nouvelles fonctionnalités.

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.2.38 :

• meilleur affichage des aires de XICs
• nouvelle fenêtre pour afficher la liste des échantillons : accès aux paramètres de l’identification, contrôle qualité des échantillons…
• amélioration de l’export en masschroqML avec la possibilité de choisir manuellement le run MS a utilisé comme référence pour l’alignement, ainsi qu’un algorithme automatique pour choisir le meilleur MS run a utilisé.
• support de la version modifiée de X!Tandem TPP (utilisée pour la création de bibliothèque de référence en DIA)
• nouvelle bibliothèque PAPPSOms++ apportant des filtres de spectres plus performants
• bug fix dans l’export en masschroqML : la méthode d’extraction de XIC (sum ou max) n’était pas prise en compte

Merci beaucoup à toutes l’équipe PAPPSO pour ces améliorations et notamment à Thomas Renne, apprenti en bioinformatique, qui a développé la plupart des ces nouvelles fonctionnalités.

PAPPSO adhère à l’initiative COVID-19 Mass Spectrometry Coalition initiée par la British Mass Spectrometry Society et dont l’objectif est d’utiliser la spectrométrie de masse pour lutter contre le virus SARS-Cov2. Les échantillons, expertises, données et protocoles seront partagés entre les chercheurs et ingénieurs massistes pour optimiser et accélérer le développement de méthodes de diagnostic ou de caractérisation et de suivi du virus.

Développement de nouvelles méthodes d’acquisitions de spectrométrie de masse pour l’analyse protéomique

• Niveau de qualification: BAC+2
• Date prévisionnelle de démarrage: à définir
• Durée du stage: 2 mois
• Lieu du stage: INRAE PAPPSO - 78350 Jouy en Josas
• Contact: lydie.oliveira-correia@inrae.fr

Environnement

La Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris-Sud Ouest (PAPPSO), spécialisée dans les questions de protéomique par spectrométrie de masse, réunit deux sites complémentaires chacun orienté vers des thématiques propres : l’un situé au Moulon (Gif-sur-Yvette) expert en biologie végétale, l’autre à l’INRA de Jouy-en-Josas expert dans l’analyse d’organismes procaryotes ou eucaryotes où le stage proposé sera réalisé. PAPPSO est certifié ISO 9001 et est labélisé Infrastructure Scientifique Collective (ISC) par l’INRA et IbiSA (Infrastructure biologie santé et agronomie, label inter organisme de recherche).

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.2.36 :

• amélioration de l’export en masschroqML avec la possibilité de choisir manuellement le run MS a utilisé comme référence pour l’alignement, ainsi qu’un algorithme automatique pour choisir le meilleur MS run a utilisé.
• support de la version modifiée de X!Tandem TPP (utilisée pour la création de bibliothèque de référence en DIA)
• nouvelle bibliothèque PAPPSOms++ apportant des filtres de spectres plus performants
• bug fix dans l’export en masschroqML : la méthode d’extraction de XIC (sum ou max) n’était pas prise en compte

Merci beaucoup à Marlène Davanture et Thierry Balliau d’avoir signalé le problème du sum/max dans l’export masschroqML.