Offre de poste d’ingénieur(e) d’études “Développements méthodologiques pour la protéomique végétale à haut-débit”

• Localisation: Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO), Gif-sur-Yvette (91)
• Dates: contrat de 12 mois à partir de février 2023
• Salaire brut: 2100-2500 € par mois selon le niveau d’expérience

Mots clefs : protémique végétale, chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC-MS/MS), développement méthodologique, data independent analysis, microdébit

Contexte :

PAPPSO (www.pappso.inrae.fr) est une plateforme technologique visant à fournir aux équipes de recherche des compétences et des équipements de pointe dans le domaine de la protéomique. Depuis une dizaine d’années, PAPPSO reçoit de plus en plus fréquemment des demandes d’analyse de grandes cohortes d’échantillons de plante (> 100 échantillons). Ces demandes sont toutes liées à des projets de recherche en amélioration végétale ou en agro-écologie, où les approches méthodologiques nécessitant de grands dispositifs expérimentaux se tournent de plus en plus vers l’exploitation de données omiques collectées en aval du génome. Pour répondre à cette évolution, PAPPSO souhaite développer un nouveau type d’analyse dans le domaine de la protéomique végétale à haut débit.

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.57 :

• Amélioration des performances des vitesses de lecture des données TimsTOF
• Livraison de MassChroQ dans l’installateur Windows
• Meilleure intégration de R et MCQR

Amélioration des performances des vitesses de lecture des données TimsTOF

La lecture des données du TimsTOF est maintenant complètement parallèlisée et dispose d’un système de cache agressif qui apporte une grosse amélioration des vitesses de lecture. Sur la même machine, on passe de 1h10 pour la conversion d’un échantillon (Hela 120 minutes) TDF à 21’ en utilisant 4 fils d’exécution. Le même échantillon converti en mzML par ProteoWizard sur 4 fils d’exécution prend 35’ de temps de calcul. Les données converties par i2MassChroQ donnent de meilleures résultats d’identification que les même fichiers TimsTOF convertis au préalable avec ProteoWizard.

Journées PROTÉOME VERT des 9 et 10 juin 2022

IDEEV, Université Paris-Saclay, 12 route 128, 91190 Gif-sur-Yvette Salle Rachel Carson

Le Plan de Gestion des Données de la plateforme est maintenant disponible sur Opidor.

Plan de Gestion des Données PAPPSO.

Le conseil scientifique des utilisateurs de PAPPSO aura lieu le 16 mai 2022 et sera ouvert à tous, utilisateurs de la plate-forme ou intéressés par ses activités. Cette demi-journée d’informations et de présentations sera accessible en présentiel à l’IDEEV (12 route 128, 91190 Gif-sur-Yvette, salle Rosalind Franklin au rez-de-chaussée) ou en visio via le lien suivant (https://orsay.bbb.cnrs.fr/b/lan-l7m-axe-ais)