Journées PROTÉOME VERT des 12 et 13 juin 2023

IDEEV, Université Paris-Saclay, 12 route 128, 91190 Gif-sur-Yvette Salle Rachel Carson

Journées des OMIQUES VEGETALES

• Date: 15 et 16 Juin 2023
• Lieu: IPS2 - Bâtiment 630, rue de Noetzlin, Plateau du Moulon, 91190 - Gif-sur-Yvette

Les plateformes de l’IPS2 et la plateforme PAPPSO organisent les 15 et 16 juin 2023 un colloque dédié aux approches qu’elles développent : “Les Journées des Omiques Végétales”.

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.68 :

• TimsTOF : nouvel algorithme de correction des dérives en mobilité (considérable amélioration du “match between run”)
• TimsTOF : nouvel algorithme de résolution de polynômes pour le calcul des masses (plus rapide et plus précis)
• Quelques corrections de bugs dans l’interface graphique

Merci à tous les contributeurs, spécialement à “Sergey Bochkanov” sergey.bochkanov@alglib.net pour ses conseils concernant la résolution de polynômes.

Offre de poste d’ingénieur(e) d’études “Développements méthodologiques pour la protéomique végétale à haut-débit”

• Localisation: Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO), Université Paris- Saclay, IDEEV, Gif-sur-Yvette (91)
• Dates: contrat de 12 mois à partir de mars 2023
• Salaire brut: 2100-2500 € par mois selon le niveau d’expérience

Mots clefs : protéomique, chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC-MS/MS), bioinformatique, logiciel libre, C/C++, machine learning

Contexte

PAPPSO est une plateforme de protéomique visant à fournir aux équipes de recherche des prestations analytiques à haute valeur ajoutée grâce à ses équipements de pointe et ses compétences en bioinformatique des données de spectrométrie de masse. PAPPSO développe en effet depuis de nombreuses années une suite logicielle couvrant tous les aspects de l’analyse protéomique, depuis l’exploitation des données brutes produites par les spectromètres de masse jusqu’aux analyses statistiques des résultats d’identification et de quantification des protéines (http://pappso.inrae.fr/bioinfo/). Parmi ces logiciels, i2MassChroQ est dédié à l’identification et à la quantification des protéines à partir de données LC-MS/MS acquises dans un mode couramment utilisé appelé “data dependent”. PAPPSO souhaite adapter ce logiciel pour qu’il puisse également prendre en charge des données acquises dans un nouveau mode appelé “data independent” faisant intervenir l’intelligence artificielle (machine learning).

Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.4.61 :

• Intégration de TIDD: tool-independent and data-dependent machine learning for peptide identification
• Nouvelle sortie ODS avec la liste de tous les PSM valides (target et decoy)
• Amélioration de l’interface des paramètres de sélection (Evalue, FDR ou SVM probability)
• Ecriture des paramètres de sélection dans les commentaires du MassChroqML

Vous pouvez participer au développement, proposer de nouvelles fonctionnalités ou signaler un bug depuis : ForgeMIA gitlab