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    • 1 février 2019
    • bioinfo

    X!TandemPipeline C++ version 0.2.31

    Voici les changements depuis la dernière version annoncée 0.2.28 :

    • de nouveaux exports au format FASTA sont disponibles. On peut exporter toutes les protéines valides et groupées, ou seulement une protéine par sous groupe, ou seulement une protéine par groupe.
    • dans les exports ODS/TSV, un nouveau tableau dédié à la peptidomique est disponible. Il affiche le nombre de spectres identifiés par peptide et par échantillon, ce qui permet de les comparer facilement.
    • une nouvelle boite de dialogue pour configurer les analyses de quantification avec MassChroQ est dispobible. On peut choisir facilement tous les paramètres importants comme l’extraction des XICs, la détection des pics, l’alignement… et aussi vérifier l’emplacement des fichiers MS runs ou choisir le nom des fichiers de sortie.
    • une légende est affichée dans le graphique représentant les massifs isotopique pour reconnaitre le massif mesuré réellement et le massif théorique, calculé avec la formule chimique du peptide.

    X!TandemPipeline homepage

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    • 6 janvier 2019
    • bioinfo

    X!TandemPipeline C++ version 0.2.28

    Since last announced 0.2.22 version, many features has been added :

    • bug fix on the protein Evalue computation (the protein Evalue was too severe)
    • automatic check for new version available online
    • new feature to choose tabulated text or ODS for spreadsheet formats
    • better windows integration (icons)
    • more tests and controls to help user to configure the external program X!Tandem
    • better Mascot dat parser
    • graphical bug fix on the size of text (to avoid shrinking)

    X!TandemPipeline homepage

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    • 6 janvier 2019
    • bioinfo

    Atelier PAPPSO - "Les outils bioinformatiques d'analyse des données de protéomique développés par la plateforme PAPPSO"

    La plateforme PAPPSO organise du 19 au 22 novembre 2018 un atelier sur les outils bioinfo qu’elle a développés pour la protéomique.

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    • 6 janvier 2019
    • bioinfo

    MassChroQ version 2.2.12 Black Caiman, Albi edition

    This is a major release of MassChroQ. This will be presented at the joint congress of the SFEAP and SEProt in Albi from 9 to 12 october 2018. This version allows efficient work on huge datasets : 250 samples of high complexity (gut microbiota) and high resolution (Lumos) can be aligned and quantified in 2 days (more than 1 million of XICs for each sample).

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    • 6 janvier 2019
    • bioinfo

    X!TandemPipeline C++ version 0.2.22, Albi edition

    This new version of X!TandemPipeline contains several fixes such as column titles and descriptions in the user interface. This version that will be presented at the joint congress of the SFEAP and SEProt in Albi from 9 to 12 october 2018

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PAPPSO va participer au 3ème congrès international sur les vésicules extracellulaires, organisé par "International society of Microbiota". Journées du Protéome et Peptidome Verts les 1er et 2 juin 2026 à l'Université de Grenoble Alpes PAPPSO renforce son engagement pour l’agroécologie avec l’acquisition d’un Orbitrap Astral sur son site de Gif-sur-Yvette.
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