La transition agroécologique est un enjeu majeur pour une agriculture plus durable et plus respectueuse de l’environnement. Pour y contribuer, il est essentiel de mieux comprendre le fonctionnement des agroécosystèmes, grâce à des recherches interdisciplinaires prenant en compte la diversité génétique des organismes vivants ainsi que leurs interactions multiples en condition in situ, comme par exemple les interactions entre plantes voisines ou entre les plantes et le sol en plein champ. Ces recherches sont généralement basées sur l’intégration de données multi-omiques acquises sur un très grand nombre d’échantillons. Dans ce contexte, la protéomique devient un des outils de phénotypage moléculaire offrant de nouvelles opportunités en agroécologie.
Pour renforcer ses capacités dans ce domaine, PAPPSO a installé sur son site de Gif-sur-Yvette (IDEEV, UMR GQE-Le Moulon), un spectromètre de masse OrbitrapTM AstralTM (Thermo Fisher Scientific). Cet instrument de dernière génération, ultra-rapide et sensible, est particulièrement adapté pour l’analyse de grandes cohortes d’échantillons ou l’étude d’échantillons très complexes tels que ceux issus de la rhizosphère. Financé grâce aux subventions de la région Ile-de-France, d’INRAE, de l’Université Paris-Saclay, de l’EUR SPS, d’AgroParisTech, de l’institut Carnot Plant2Pro, ce nouvel instrument va permettre à PAPPSO de développer de nouvelles offres de service en protéomique à haut-débit et métaprotéomique, plaçant ainsi la protéomique au premier plan des recherches en agroécologie. Il permettra également de répondre plus généralement aux besoins d’analyse toujours plus poussés des biologistes.