ProteoBench is an open platform for benchmarking proteomics data analysis workflows.

There several modules each one focusing on a specific Protomics technic:

Important modifications since 1.0.10 :

• Complete support for the Sage identification engine
• Integrating a modified version of X!Tandem that can read directly mzML files and TimsTOF raw data
• Switch from HTCondor to Slurm for HPC cluster support
• Bunch of fix on reported issues
• Support for ProteoBench metadata for Sage identifications
• Numerous GUI improvements

Complete changelog

Le conseil scientifique des utilisateurs (CSU) de PAPPSO aura lieu l’après-midi du 23 septembre 2024 et sera ouvert à tous, utilisateurs de la plate-forme ou intéressés par ses activités. Cette demi-journée d’échanges sera accessible en visio via le lien suivant (https://bbb.visio.inrae.fr/b/oli-nt9-82w-eav)

Important modifications since 1.0.3 :

• Export file format for ProteoBench
• Windows setup now including X!Tandem executables
• Better GUI for statistical analysis using MCQR 0.6.14

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Journées PROTÉOME VERT des 10 et 11 juin 2023

Institut Agro, Montpellier

Les journées Protéome Vert sont ouvertes aux personnes intéressées par la protéomique des plantes. Vous êtes invités à y présenter aussi bien les nouveaux développements méthodologiques dans les domaines de la préparation des échantillons, de la spectrométrie de masse et de l’analyse bioinformatique que les résultats biologiques obtenus grâce à la protéomique. Les journées sont organisées par le réseau Protéome Vert.