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Plateforme d'Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest

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News

    • 5 juin 2025
    • news

    Our R package MCQR is published!

    Our R package MCQR is published!

    MCQR is an R package R package for the in-depth exploration, processing, and analysis of quantitative proteomics data generated from either data-dependent or data-independent acquisition methods. It has been recently accepted for publication in Journal of Proteome research

    Balliau T, Frambourg A, Langella O, Martin ML, Zivy M, Blein-Nicolas M. (2025-06-06) MCQR: Enhancing the Processing and Analysis of Quantitative Proteomics Data by Incorporating Chromatography and Mass Spectrometry Information. J. Proteome Res., 6 (24) 2861-2873

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    • 13 mars 2025
    • news

    Journées du Protéome Vert les 26 et 27 mai 2025 au centre INRAe de Dijon, 27 rue Sully.

    Journées PROTÉOME VERT des 26 et 27 mai 2025

    centre INRAe de Dijon, 27 rue Sully.

    Les journées Protéome Vert sont ouvertes aux personnes intéressées par la protéomique des plantes. Vous êtes invités à y présenter aussi bien les nouveaux développements méthodologiques dans les domaines de la préparation des échantillons, de la spectrométrie de masse et de l’analyse bioinformatique que les résultats biologiques obtenus grâce à la protéomique. Les journées sont organisées par le réseau Protéome Vert.

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    • 14 mars 2025
    • news

    Journées des OMIQUES VEGETALES les 23 et 24 juin 2025 à l'IDEEV.

    Journées des OMIQUES VEGETALES les 23 et 24 juin 2025

    • IDEEV Institut Diversité Écologie et Évolution du Vivant 12 route 128 91190 Gif-sur-Yvette, France

    Les plateformes omiques végétales du plateau de Saclay organisent les 23 et 24 juin 2025 un colloque dédié aux approches qu’elles développent : “Les Journées des Omiques Végétales”.

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    • 20 décembre 2024
    • news

    i2MassChroQ results in ProteoBench

    i2MassChroQ results in ProteoBench

    ProteoBench is an open platform for benchmarking proteomics data analysis workflows.

    There several modules each one focusing on a specific Protomics technic:

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    • 30 octobre 2024
    • bioinfo

    i2MassChroQ version 1.0.18

    Important modifications since 1.0.10 :

    • Complete support for the Sage identification engine
    • Integrating a modified version of X!Tandem that can read directly mzML files and TimsTOF raw data
    • Switch from HTCondor to Slurm for HPC cluster support
    • Bunch of fix on reported issues
    • Support for ProteoBench metadata for Sage identifications
    • Numerous GUI improvements

    Complete changelog

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News 
Our R package MCQR is published! Journées du Protéome Vert les 26 et 27 mai 2025 au centre INRAe de Dijon, 27 rue Sully. Journées des OMIQUES VEGETALES les 23 et 24 juin 2025 à l'IDEEV.
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