LC-MS/MS signifie “Liquid Chromatography coupled to tandem Mass Spectrometry”.

Les peptides issus de l'hydrolyse enzymatique des protéines vont dans un premier temps être séparés par chromatographie liquide en phase inverse suivant leur hydrophobicité. Les peptides arrivent séquentiellement dans la source du spectromètre de masse (nanospray) et vont être ionisés.

Dans un deuxième temps, les peptides vont être analysés dans le spectromètre de masse. Celui-ci permet de mesurer la masse des peptides issus de l'hydrolyse enzymatique des protéines (MS simple) et également, au besoin, de les fragmenter en phase gazeuse (spectres MS-MS), ce qui permet d'obtenir des éléments de structure primaire (leur séquence).

Exemple d'un spectre MS/MS annoté