- g -

• generateCodeMassFromModel() : pappso::AaStringCodec
• generateLlcCodeListByMaxPeptideSize() : pappso::AaStringCodec
• generateLlcCodeListUpToMaxPeptideSize() : pappso::AaStringCodec
• generateMeasurementsForIsotopeList() : pappso::masschroq::PeptideMeasurementsBase
• generateTheoreticalPeaks() : pappso::specglob::PeptideModel
• get() : pappso::specglob::ScoreValues, pappso::specpeptidoms::ScoreValues
• getAa() : pappso::AaCode, pappso::Peptide
• getAaCode() : pappso::AaCode, pappso::AaStringCodec, pappso::cbor::psm::PsmSpecPeptidOms
• getAaCodeByMass() : pappso::AaCode
• getAaCodeFromMass() : pappso::AaStringCodeMassMatching
• getAaCodeFromMassList() : pappso::AaStringCodeMassMatching
• getAaCodeFromMassWearingModification() : pappso::AaStringCodeMassMatching
• getAaCollection() : pappso::AaCode
• getAaMass() : pappso::AaBase
• getAaPositionList() : pappso::Peptide
• getAaPositions() : pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• getAaSequenceCoverage() : pappso::PsmFeatures
• getAccession() : pappso::AaModification, pappso::GrpProtein, pappso::OboPsiModTerm, pappso::Protein
• getAlignedRetentionTimeVector() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• getAllObservedChargeStateList() : pappso::masschroq::Peptide
• getAminoAcidChar() : pappso::AaBase
• getAminoAcidCharList() : pappso::AaBase
• getArea() : pappso::TracePeak
• getBackRetentionTimeReference() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• getBestAlignment() : pappso::specpeptidoms::Scenario, pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• getBestIonMobilityXicCoordToExtractOverallMsRunGroup() : pappso::masschroq::Peptide
• getBestPeakIterator() : pappso::PeptideIsotopeSpectrumMatch, pappso::PeptideSpectrumMatch
• getBestRealignScore() : pappso::specglob::SpectralAlignment
• getBestRtOverallChargeStates() : pappso::masschroq::PeptideObservation
• getBestScore() : pappso::specpeptidoms::Scenario
• getBestXicCoord() : pappso::masschroq::PeptideObservation
• getBestXicCoordSPtrForCharge() : pappso::masschroq::PeptideObservation
• getBestXicCoordSPtrForChargeInMsRunGroup() : pappso::masschroq::Peptide
• getBetterPeptideModel() : pappso::specglob::PostTreatment
• getBinningType() : pappso::MzIntegrationParams
• getBins() : pappso::MassSpectrumCombiner
• getBinSizeDivisor() : pappso::MzIntegrationParams
• getBinSizeModel() : pappso::MzIntegrationParams
• getBottomMostPoint() : pappso::IntegrationScope, pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRect, pappso::IntegrationScopeRhomb, pappso::SelectionPolygon
• getBottomMostPoints() : pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb
• getByAccession() : pappso::cbor::psm::PsmProteinMap
• getByIntensityRatio() : pappso::PeptideNaturalIsotopeList
• getByIsotopeNumber() : pappso::PeptideNaturalIsotopeList
• getCartList() : pappso::spectree::Bucket
• getCborPsmList() : pappso::cbor::psm::CborScanMapBase
• getCborScanId() : pappso::cbor::psm::CborScanMapBase
• getCborScanPrecursor() : pappso::cbor::psm::CborScanMapBase
• getCborStreamWriter() : pappso::cbor::psm::SageReader, pappso::masschroq::CborOutputStream
• getCharge() : pappso::PeakIonMatch, pappso::PeptideNaturalIsotopeAverage, pappso::XicPeptideFragmentIonNaturalIsotope, pappso::XicPeptideInterface
• getChargeMinimalFractionalPart() : pappso::MassSpecTracePlotWidget
• getChargeStateEnvelopePeakSpan() : pappso::MassSpecTracePlotWidget
• getChEBIUrl() : pappso::HttpButton
• getChemicalFormula() : pappso::AtomNumberInterface, pappso::Peptide
• getChemicalFormulaCharge() : pappso::Peptide, pappso::PeptideInterface
• getCIDionList() : pappso::PeptideFragmentIonListBase
• getCleavageCterModification() : pappso::Peptide
• getCleavageNterModification() : pappso::Peptide
• getClosestPrecursorIdByMz() : pappso::TimsDdaPrecursors
• getCoefficientOfDetermination() : pappso::LinearRegression
• getColorMapPlotConfig() : pappso::BaseColorMapPlotWidget
• getCombinedMs2ScansByGlobalSliceIndex() : pappso::TimsDiaSlices
• getCombinedMs2ScansByPrecursorId() : pappso::TimsDdaPrecursors
• getCommonDeltaRt() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• getCommonSeamarksDeltaRt() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• getComplementaryPeak() : pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• getComplementPairsAaSequenceCoverage() : pappso::PsmFeatures
• getCompletePeptideIonName() : pappso::PeptideFragmentIon
• getComponents() : pappso::PeptideNaturalIsotopeAverage
• getCompressedSize() : pappso::TimsFrameRawDataChunck
• getConsensusMs2RetentionTime() : pappso::masschroq::Peptide
• getConsensusPeakRetentionTime() : pappso::masschroq::Peptide
• getConstAa() : pappso::Peptide
• getContext() : pappso::BasePlotWidget
• getCount() : pappso::GrpProtein
• getCountNote() : pappso::XtandemPresetReader
• getCountSharedPeaks() : pappso::specglob::PeptideModel
• getCterModification() : pappso::Peptide
• getCurrentPsmPeptideSp() : pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase
• getCurrentQualifiedMassSpectrumSPtr() : pappso::cbor::psm::CborScanMapBase, pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase
• getDaltonInstance() : pappso::PrecisionFactory
• getDataKindX() : pappso::IntegrationScope, pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRect, pappso::IntegrationScopeRhomb
• getDataKindY() : pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRect, pappso::IntegrationScopeRhomb
• getDecimalPlaces() : pappso::MassDataCombinerInterface, pappso::MzIntegrationParams
• getDecoyTag() : pappso::cbor::psm::SageReader
• getDeltaMass() : pappso::PeptideRawFragmentMasses
• getDescription() : pappso::FastaSeqHandler, pappso::GrpProtein, pappso::masschroq::Protein, pappso::Protein
• getDetectionThresholdOnMaxmin() : pappso::TraceDetectionZivy
• getDetectionThresholdOnMinmax() : pappso::TraceDetectionZivy
• getDriftTimeInMilliseconds() : pappso::TimsFrameBase
• getDtInMilliSeconds() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• getDynamicRange() : pappso::FilterRescaleY, pappso::XtandemSpectrumProcess
• getETDionList() : pappso::PeptideFragmentIonListBase
• getExcludeParent() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• getExcludeParentNeutralLoss() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• getExpectedString() : pappso::cbor::CborStreamReaderInterface
• getExperimentalSpectrumCsp() : pappso::specglob::SpectralAlignment
• getExperimentalSpectrumDataPoint() : pappso::specglob::SpectralAlignment
• getFastaFilePath() : pappso::cbor::psm::SageReader
• getFileFormat() : pappso::BafAsciiFileReader, pappso::MsFileAccessor, pappso::MsFileReader, pappso::PwizMsFileReader, pappso::TimsMsFileReader, pappso::XyMsFileReader
• getFileName() : pappso::MsFileAccessor, pappso::MsRunId
• getFileReaderType() : pappso::MsFileAccessor
• getFilterMorphoMedian() : pappso::FilterMorphoBackground
• getFilterMorphoMinMax() : pappso::FilterMorphoBackground
• getFilterSuiteStringSPtr() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• getFirst() : pappso::FilterOboPsiModSink
• getFirstAccession() : pappso::GrpSubGroup
• getFormula() : pappso::PeptideInterface
• getFrameCount() : pappso::TimsData
• getFrameId() : pappso::TimsFrameRawDataChunck
• getFrameIdByGlobalSliceIndex() : pappso::TimsDiaSlices
• getFrameIdDescrList() : pappso::TimsData
• getFrameLength() : pappso::TimsFrameRawDataChunck
• getFrameNumberOfScans() : pappso::TimsFrameRawDataChunck
• getFrameSliceRangeByGlobalSliceIndex() : pappso::TimsDiaSlices
• getFrontRetentionTimeReference() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• getGlobalMetadataValue() : pappso::TimsData
• getGlobalScanIndexByScanCoordinates() : pappso::TimsData
• getGlobalSliceIndexBeginByFrameId() : pappso::TimsDiaSlices
• getGreatestMz() : pappso::MzIntegrationParams
• getGroupingId() : pappso::GrpGroup, pappso::GrpPeptide, pappso::GrpProtein, pappso::GrpSubGroup
• getGroupList() : pappso::GrpMapPeptideToGroup
• getGroupNumber() : pappso::GrpGroup, pappso::GrpPeptide, pappso::GrpProtein, pappso::GrpSubGroup
• getGrpGroupSpList() : pappso::GrpExperiment
• getGrpPeptideList() : pappso::GrpPeptideSet
• getGrpPeptideSet() : pappso::GrpGroup
• getGrpProteinList() : pappso::GrpSubGroup
• getGrpProteinSp() : pappso::GrpExperiment
• getGrpProteinSpList() : pappso::GrpExperiment
• getGrpSubGroupSpList() : pappso::GrpGroup
• getHalfWindowSize() : pappso::FilterLocalMaximum, pappso::FilterMorphoAntiSpike, pappso::FilterMorphoWindowBase
• getHeight() : pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRect, pappso::IntegrationScopeRhomb
• getHyperscore() : pappso::XtandemHyperscore, pappso::XtandemHyperscoreBis
• getId() : pappso::masschroq::AlignmentMethod, pappso::masschroq::MsRunGroup, pappso::masschroq::Peptide, pappso::masschroq::Protein, pappso::masschroq::QuantificationMethod, pappso::spectree::Bucket, pappso::spectree::ItemCart, pappso::TimsFrameBase
• getIndexNodeMap() : pappso::MsRunDataSetTree
• getInnermostRangeX() : pappso::BasePlotWidget
• getInnermostRangeY() : pappso::BasePlotWidget
• getInstance() : pappso::AaModification, pappso::MsRunXicExtractorFactory, pappso::MzCalibrationStore
• getInstanceCustomizedMod() : pappso::AaModification
• getInstanceInsertionAccessionByAaLetter() : pappso::AaModification
• getInstanceMutation() : pappso::AaModification
• getInstanceRemovalAccessionByAaLetter() : pappso::AaModification
• getInstanceXtandemMod() : pappso::AaModification
• getIntensity() : pappso::masschroq::Precursor
• getIntensityAxisP() : pappso::XicWidget
• getIntensityExperimentalPeaks() : pappso::specglob::PeptideModel
• getIntensityOfMatchedIon() : pappso::PsmFeatures
• getIntensityRatio() : pappso::PeptideNaturalIsotope, pappso::PeptideNaturalIsotopeAverage
• getIntensityRatioPerIsotopeNumber() : pappso::PeptideNaturalIsotopeList
• getIntensitySharedPeaks() : pappso::specglob::PeptideModel
• getIntercept() : pappso::LinearRegression
• getIonIsotopeLinearRegression() : pappso::PsmFeatures
• getIonIsotopeRatioScore() : pappso::IonIsotopeRatioScore
• getIonList() : pappso::PeptideFragmentIonListBase
• getIonMobilityGridSp() : pappso::masschroq::MsRunGroup
• getIonMobilityTraceByTofIndexRange() : pappso::TimsFrameBase
• getIonMobTraceList() : pappso::TimsFrameMobilityTraces
• getIonPairPrecursorMassDelta() : pappso::PsmFeatures
• getIonScore() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• getIonTypeCountArray() : pappso::PeptideSpectrumMatch
• getIsotopeMap() : pappso::PeptideNaturalIsotope
• getIsotopeMinimumRatio() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• getIsotopeNumber() : pappso::PeptideNaturalIsotope, pappso::PeptideNaturalIsotopeAverage
• getIsotopeRank() : pappso::PeptideNaturalIsotopeAverage
• getItemCartCount() : pappso::spectree::BucketClustering
• getItemList() : pappso::spectree::ItemCart
• getJsonDocument() : pappso::cbor::psm::SageFileReader
• getJsonObject() : pappso::masschroq::AlignmentMethod, pappso::masschroq::QuantificationMethod
• getLabel() : pappso::masschroq::PeptideLabel
• getLastMs1FrameIdByMs2FrameId() : pappso::TimsDiaSlices
• getLeftBoundary() : pappso::TracePeak
• getLeftMostBottomPoint() : pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb
• getLeftMostPoint() : pappso::IntegrationScope, pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb, pappso::SelectionPolygon
• getLeftMostPoints() : pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb
• getLeftMostTopPoint() : pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb
• getLetter() : pappso::AaBase
• getLexicalOrderedString() : pappso::Utils
• getLiAbsoluteString() : pappso::Peptide
• getLimitMax() : pappso::AaStringCodec
• getLocations() : pappso::specpeptidoms::LocationSaver
• getLocationSaver() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• getMapCorrectionsStart() : pappso::IonMobilityGrid
• getMapDiferrencesStart() : pappso::IonMobilityGrid
• getMapFrame2WindowGroupPtr() : pappso::TimsDiaSlices
• getMapSimilarities() : pappso::spectree::SpecXtractMap
• getMass() : pappso::Aa, pappso::AaBase, pappso::AaCode, pappso::AaModification, pappso::AaStringCodec, pappso::ChemicalFormula, pappso::Ion, pappso::Peptide, pappso::PeptideFragment, pappso::PeptideFragmentIon, pappso::PeptideNaturalIsotope, pappso::Protein, pappso::specglob::PeptideModel
• getMassDelta() : pappso::specglob::PeptideModel
• getMassList() : pappso::specglob::ExperimentalSpectrum, pappso::specglob::PeptideSpectrum, pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• getMassSpectrumCstSPtr() : pappso::QualifiedMassSpectrum, pappso::TimsData, pappso::TimsFrameBase
• getMassSpectrumCstSPtrByGlobalScanIndex() : pappso::TimsData
• getMassSpectrumCstSPtrByRawIndex() : pappso::TimsData
• getMassSpectrumId() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• getMassSpectrumSPtr() : pappso::QualifiedMassSpectrum, pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameBase, pappso::TimsFrameType1
• getMatchBetweenRun() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• getMatchedIons() : pappso::XtandemHyperscore, pappso::XtandemHyperscoreBis
• getMatchedMzDiffMean() : pappso::PsmFeatures
• getMatchedMzDiffSd() : pappso::PsmFeatures
• getMatchPrecursorIdByKo() : pappso::TimsDdaPrecursors
• getMatrix() : pappso::specglob::SpectralAlignment, pappso::specself::SelfSpectrum
• getMaxConsecutiveIon() : pappso::PsmFeatures
• getMaximumRawMassIndex() : pappso::TimsFrameBase
• getMaxIntensityMatchedIonComplementPairPrecursorMassDelta() : pappso::PsmFeatures
• getMaxIntensityPeakIonMatch() : pappso::PsmFeatures
• getMaxMinHalfEdgeWindows() : pappso::FilterMorphoMaxMin, pappso::TraceDetectionZivy
• getMaxPosIterator() : pappso::specglob::SpectralAlignment
• getMaxScore() : pappso::specglob::SpectralAlignment
• getMaxXicElement() : pappso::TracePeak
• getMbrPeptideMeasurementsList() : pappso::masschroq::MsRunPeptideList
• getMeasurementList() : pappso::masschroq::PeptideMeasurementsBase
• getMemoryBuffer() : pappso::TimsFrameRawDataChunck
• getMinimumMz() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• getMinMaxHalfEdgeWindows() : pappso::FilterMorphoMinMax, pappso::TraceDetectionZivy
• getMinScore() : pappso::specpeptidoms::LocationSaver
• getMiscleavage() : pappso::Enzyme
• getMissingMass() : pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• getmJsonAbsoluteFilePath() : pappso::cbor::psm::SageReader
• getMobilityScan() : pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameBase
• getModificationList() : pappso::Aa
• getModificationPositionList() : pappso::Peptide, pappso::PeptideModificatorBase
• getMods() : pappso::masschroq::Peptide
• getMorpheusScore() : pappso::MorpheusScore
• getMostIntensePeakBetween() : pappso::QCPSpectrum
• getMs1MeanFilter() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• getMs1QualifiedSpectrumByGlobalSliceIndex() : pappso::TimsDiaSlices
• getMs1RetentionTimeVector() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• getMs1SmoothingWindow() : pappso::masschroq::AlignmentMethod
• getMs2BuiltinCentroid() : pappso::TimsDdaPrecursors
• getMs2FiltersOptions() : pappso::XtandemPresetReader
• getMs2FilterSuiteString() : pappso::TandemWrapperRun
• getMs2MeanFilter() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• getMs2MedianFilter() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• getMs2QualifiedSpectrumByGlobalSliceIndex() : pappso::TimsDiaSlices
• getMs2SmoothingWindow() : pappso::masschroq::AlignmentMethod
• getMs2TendencyWindow() : pappso::masschroq::AlignmentMethod
• getMsDataFormat() : pappso::MsRunId
• getMsLevel() : pappso::QualifiedMassSpectrum, pappso::TimsFrameBase
• getMsLevelByGlobalScanIndex() : pappso::TimsData
• getMsLevelBySpectrumIndex() : pappso::TimsData
• getMsLevelCount() : pappso::MsRunSimpleStatistics
• getMsLevels() : pappso::MsRunReadConfig
• getMsLevelsAsString() : pappso::MsRunReadConfig
• getMsMsWindowByGlobalSliceIndex() : pappso::TimsDiaSlices
• getMsMsWindowGroupList() : pappso::TimsDiaSlices
• getMsPointDistance() : pappso::Xic
• getMsRunId() : pappso::MsRunReader, pappso::MsRunXicExtractorInterface
• getMsRunIdCstSPtr() : pappso::MassSpectrumId
• getMsRunIds() : pappso::BafAsciiFileReader, pappso::MsFileAccessor, pappso::MsFileReader, pappso::PwizMsFileReader, pappso::TimsMsFileReader, pappso::XyMsFileReader
• getMsRunReaderSPtr() : pappso::masschroq::MsRun, pappso::MsRunXicExtractorInterface
• getMsRunReaderSPtrByRunId() : pappso::MsFileAccessor
• getMsRunRetentionTimeConstPtr() : pappso::masschroq::MsRunPeptideList
• getMsRunRetentionTimePtr() : pappso::masschroq::MsRunPeptideList
• getMsRunSp() : pappso::masschroq::MsRunPeptideList
• getMsRunSpWithFileName() : pappso::cbor::psm::SageFileReader
• getMz() : pappso::Ion, pappso::MzRange, pappso::PeptideNaturalIsotopeAverage, pappso::QualifiedXic, pappso::specglob::PeptideModel
• getMzCalibrationInterfaceSPtr() : pappso::TimsFrameBase
• getMzFromTofIndex() : pappso::MzCalibrationInterface, pappso::MzCalibrationModel1, pappso::MzCalibrationModel1Cached
• getMzList() : pappso::TimsFrameMobilityTraces
• getMZShift() : pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• getMzSortedPrecursorDataChargeValuesAsString() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• getMzSortedPrecursorDataMzValuesAsString() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• getMzTarget() : pappso::OboListWidget
• getName() : pappso::AaModification, pappso::PeptideFragmentIon, pappso::PeptideInterface, pappso::XicWidget
• getNativeId() : pappso::MassSpectrumId
• getNearestPeakBetween() : pappso::QCPSpectrum
• getNeutralLossMass() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• getNeutralLossWindowDalton() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• getNextTree() : pappso::specpeptidoms::LocationSaver
• getNmostIntense() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• getNominal() : pappso::PrecisionBase
• getNrmsd() : pappso::LinearRegression
• getNterModification() : pappso::Peptide
• getNumberOfAtom() : pappso::Aa, pappso::AaBase, pappso::AaModification, pappso::AtomNumberInterface, pappso::ChemicalFormula, pappso::Peptide, pappso::PeptideFragment, pappso::PeptideFragmentIon, pappso::PeptideNaturalIsotope
• getNumberOfCorrectedValues() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• getNumberOfIsotope() : pappso::Aa, pappso::AaBase, pappso::AaModification, pappso::AtomNumberInterface, pappso::ChemicalFormula, pappso::Peptide, pappso::PeptideFragment, pappso::PeptideFragmentIon, pappso::PeptideNaturalIsotope
• getNumberOfMatchedIons() : pappso::PsmFeatures
• getNumberOfModification() : pappso::Aa, pappso::Peptide
• getNumberOfNeutralPhosphoLoss() : pappso::PeptideFragmentIon
• getNumberOfPoints() : pappso::FilterGreatestY, pappso::FilterGreatestYperWindow
• getNumberOfThreads() : pappso::XtandemPresetReader
• getOboPsiModTerm() : pappso::OboListModel, pappso::OboTermForm
• getOboPsiModTermFileFormat() : pappso::MsFileAccessor
• getOboPsiModTermInstrumentModelName() : pappso::MsRunReader, pappso::PwizMsRunReader, pappso::TimsMsRunReaderBase
• getOboPsiModTermList() : pappso::FilterOboPsiModSink
• getOboPsiModTermNativeIDFormat() : pappso::MsFileAccessor, pappso::PwizMsRunReader
• getOboPsiModTermSelected() : pappso::OboChooserWidget
• getOboPsiModTermWithAccession() : pappso::FilterOboPsiModMap
• getOboPsiModTermWithName() : pappso::FilterOboPsiModMap
• getObservationList() : pappso::masschroq::PeptideObservation
• getObservedChargeStates() : pappso::masschroq::PeptideObservation
• getObservedRetentionTimesOverallChargeStates() : pappso::masschroq::PeptideObservation
• getOlsUrl() : pappso::HttpButton
• getOne() : pappso::FilterOboPsiModSink
• getOneOverK0Transformation() : pappso::TimsFrameBase
• getOrigColorMapPlotConfig() : pappso::BaseColorMapPlotWidget
• getOriginalMsDataFileName() : pappso::WrapTandemInput
• getOriginalPeptideModel() : pappso::specglob::PostTreatment
• getOriginalTandemOutputFileName() : pappso::WrapTandemInput
• getOriginalTandemPresetFileName() : pappso::WrapTandemInput
• getOutermostRangeX() : pappso::BasePlotWidget
• getOutermostRangeY() : pappso::BasePlotWidget
• getPappsoPeptideSp() : pappso::masschroq::PeptideBase
• getParam() : pappso::XicCoord, pappso::XicCoordTims
• getParameters() : pappso::FilterSavitzkyGolay
• getParameterValue() : pappso::MsRunReadConfig, pappso::QualifiedMassSpectrum
• getParent() : pappso::MsRunDataSetTreeNode
• getPeak() : pappso::PeakIonMatch
• getPeakIonIsotopeMatchList() : pappso::PeptideIsotopeSpectrumMatch
• getPeakIonPairs() : pappso::PsmFeatures
• getPeaks() : pappso::specpeptidoms::CorrectionTree
• getPen() : pappso::BasePlotWidget
• getPeptideCodedFragment() : pappso::ProteinIntegerCode
• getPeptideFragmentIonList() : pappso::PeptideFragmentIonListBase
• getPeptideFragmentIonSp() : pappso::PeakIonMatch, pappso::PeptideFragmentIonListBase, pappso::XicPeptideFragmentIon, pappso::XicPeptideFragmentIonNaturalIsotope
• getPeptideFragmentList() : pappso::PeptideFragmentIonListBase
• getPeptideFragmentSp() : pappso::PeptideFragmentIon
• getPeptideInterfaceSp() : pappso::PeptideNaturalIsotopeAverage, pappso::PeptideNaturalIsotopeList
• getPeptideIonColor() : pappso::PeptideFragmentIon
• getPeptideIonDirection() : pappso::PeakIonMatch, pappso::PeptideFragment, pappso::PeptideFragmentIon
• getPeptideIonDirectionName() : pappso::PeptideFragment
• getPeptideIonName() : pappso::PeptideFragmentIon
• getPeptideIonType() : pappso::PeakIonMatch, pappso::PeptideFragmentIon
• getPeptideLabelMap() : pappso::masschroq::Peptide
• getPeptideLabelPtr() : pappso::masschroq::Peptide
• getPeptideMeasurementsList() : pappso::masschroq::MsRunPeptideList
• getPeptideNaturalIsotopeAverageSp() : pappso::PeakIonIsotopeMatch, pappso::XicPeptideFragmentIonNaturalIsotope
• getPeptideNaturalIsotopeAverageSpList() : pappso::masschroq::PeptideBase
• getPeptideNaturalIsotopeList() : pappso::masschroq::PeptideBase
• getPeptideObservationSp() : pappso::masschroq::PeptideMeasurements
• getPeptideSet() : pappso::GrpSubGroup
• getPeptideSp() : pappso::masschroq::MbrPeptideMeasurements, pappso::masschroq::PeptideObservation, pappso::PeptideFragment, pappso::PeptideFragmentIonListBase, pappso::specglob::PeptideSpectrum
• getPeptideSpectraCsp() : pappso::specglob::SpectralAlignment
• getPercentage() : pappso::FilterCeilingAmplitudePercentage, pappso::FilterFloorAmplitudePercentage
• getPhosphorylationNumber() : pappso::PeptideFragmentIonListBase
• getPlottingColor() : pappso::BaseColorMapPlotWidget, pappso::BasePlotWidget
• getPoint() : pappso::IntegrationScope, pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb, pappso::SelectionPolygon
• getPoints() : pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb, pappso::SelectionPolygon
• getPotentialMassErrors() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• getPpmInstance() : pappso::PrecisionFactory
• getPrecision() : pappso::PeptideNaturalIsotopeAverage, pappso::PrecisionWidget
• getPrecisionPtr() : pappso::AaStringCodeMassMatching, pappso::OboListWidget
• getPrecisionPtrFractionInstance() : pappso::PrecisionFactory
• getPrecisionPtrInstance() : pappso::PrecisionFactory
• getPrecursorCharge() : pappso::QualifiedMassSpectrum, pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• getPrecursorDataChargeValuesAsString() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• getPrecursorDataMzValuesAsString() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• getPrecursorIntensity() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• getPrecursorIonData() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• getPrecursorIonDataSortedWithMz() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• getPrecursorMass() : pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase, pappso::QualifiedMassSpectrum, pappso::specglob::ExperimentalSpectrum
• getPrecursorMz() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• getPrecursorMzDelta() : pappso::specglob::SpectralAlignment
• getPrecursorNativeId() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• getPrecursorsByMzRtCharge() : pappso::TimsDdaPrecursors
• getPrecursorScanNumber() : pappso::MzxmlOutput
• getPrecursorsIDFromMzRt() : pappso::TimsMsRunReaderMs2
• getPrecursorSpectrumIndex() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• getPrecursorSPtrByScanNumber() : pappso::masschroq::MsRun, pappso::masschroq::PrecursorParser
• getPrecursorSPtrBySpectrumIndex() : pappso::masschroq::MsRun, pappso::masschroq::PrecursorParser
• getpreferredFileReaderType() : pappso::MsFileAccessor
• getPresenceAbsenceMatrix() : pappso::ProteinPresenceAbsenceMatrix
• getProjectParameters() : pappso::masschroq::AlignmentMethod, pappso::masschroq::QuantificationMethod
• getProjectParamListByCategory() : pappso::ProjectParameters
• getProteinSp() : pappso::ProteinIntegerCode
• getProteinSpList() : pappso::masschroq::Peptide
• getPubMedUrl() : pappso::HttpButton
• getPwizSpectrumPtr() : pappso::PwizMsRunReader
• getQfileLinear() : pappso::TimsBinDec
• getQfileRandom() : pappso::TimsBinDec
• getQRegExpRecognitionSite() : pappso::Enzyme
• getQualifiedMassSpectrum() : pappso::MsRunDataSetTreeNode, pappso::specglob::ExperimentalSpectrum
• getQualifiedMassSpectrumByGlobalScanIndex() : pappso::TimsData
• getQualifiedMassSpectrumByRawIndex() : pappso::TimsData
• getQualifiedMassSpectrumList() : pappso::MsRunQualifiedSpectrumLoader
• getQualifiedMs1MassSpectrumBySpectrumDescr() : pappso::TimsDdaPrecursors
• getQualifiedMs2MassSpectrumBySpectrumDescr() : pappso::TimsDdaPrecursors
• getQuantileThreshold() : pappso::FilterQuantileBasedRemoveY
• getRange() : pappso::BasePlotWidget
• getRangeX() : pappso::BasePlotWidget
• getRangeY() : pappso::BasePlotWidget
• getRank() : pappso::GrpPeptide, pappso::GrpProtein
• getRawIndexFromCoordinate() : pappso::TimsData
• getRawMsBySpectrumIndex() : pappso::TimsData
• getRawTraceSPtr() : pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameType1
• getRawValuePairList() : pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameType1
• getRefineSpectrumModel() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• getRemoveIsotope() : pappso::XtandemSpectrumProcess
• getRESIDUrl() : pappso::HttpButton
• getResInstance() : pappso::PrecisionFactory
• getRetentionTimeEndInSeconds() : pappso::MsRunReadConfig
• getRetentionTimeFromSecondsToLocal() : pappso::QCPXic
• getRetentionTimeLine() : pappso::masschroq::MsRun, pappso::MsRunReader, pappso::MsRunReaderRetentionTimeLine, pappso::TimsData, pappso::TimsMsRunReaderBase, pappso::TimsMsRunReaderMs2
• getRetentionTimeLineInSeconds() : pappso::TimsData
• getRetentionTimeStartInSeconds() : pappso::MsRunReadConfig
• getRhombHorizontalSize() : pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb
• getRhombVerticalSize() : pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb
• getRightBoundary() : pappso::TracePeak
• getRightMostBottomPoint() : pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb
• getRightMostPoint() : pappso::IntegrationScope, pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb, pappso::SelectionPolygon
• getRightMostPoints() : pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb
• getRightMostTopPoint() : pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb
• getRmsd() : pappso::LinearRegression
• getRootNodes() : pappso::MsRunDataSetTree
• getRtAxisP() : pappso::XicWidget
• getRtInMinutes() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• getRtInSeconds() : pappso::QualifiedMassSpectrum, pappso::TimsFrameBase
• getRunId() : pappso::MsRunId
• getSageFileReader() : pappso::cbor::psm::SageReader
• getSampleName() : pappso::MsRunId
• getScaleFactorY() : pappso::FilterScaleFactorY
• getScanByGlobalScanIndex() : pappso::TimsData
• getScanCoordinateFromRawIndex() : pappso::TimsData
• getScanCoordinatesByGlobalScanIndex() : pappso::TimsData
• getScanIndexFromOneOverK0() : pappso::TimsFrameBase
• getScanIndexList() : pappso::TimsFrameMobilityTraces
• getScanIntensityList() : pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameBase, pappso::TimsFrameType1
• getScanNumber() : pappso::MzxmlOutput
• getScanNumberFromNativeId() : pappso::MzxmlOutput
• getScanOffset() : pappso::TimsFrame
• getScanPeakCount() : pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameBase, pappso::TimsFrameType1
• getScanTofIndexList() : pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameBase, pappso::TimsFrameType1
• getScenario() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• getScore() : pappso::ProteinPresenceAbsenceMatrix
• getScoreRow() : pappso::specglob::SpectralAlignment
• getSeamarks() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• getSeamarksReferences() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• getSelectedMsRunId() : pappso::MsFileAccessor
• getSeqAaCode() : pappso::ProteinIntegerCode
• getSequence() : pappso::FastaSeqHandler, pappso::GrpPeptide, pappso::Peptide, pappso::PeptideFragment, pappso::PeptideFragmentIon, pappso::PeptideInterface, pappso::PeptideNaturalIsotope, pappso::Protein
• getSequenceByIndex() : pappso::FastaFileIndexer, pappso::FastaFileIndexerInterface
• getSequenceLi() : pappso::PeptideInterface
• getSize() : pappso::AaCode, pappso::LinearRegression
• getSliceNumber() : pappso::MsRunSlice
• getSlope() : pappso::LinearRegression
• getSmallestMz() : pappso::MzIntegrationParams
• getSmoothingHalfEdgeWindows() : pappso::TraceDetectionMoulon, pappso::TraceDetectionZivy
• getSpectrum() : pappso::MsRunSlice
• getSpectrumCount() : pappso::MsRunDataSetTree
• getSpectrumDescrListByFrameId() : pappso::TimsDdaPrecursors
• getSpectrumDescrWithPrecursorId() : pappso::TimsDdaPrecursors
• getSpectrumDescrWithScanCoordinates() : pappso::TimsDdaPrecursors
• getSpectrumFirstNodeIndex() : pappso::spectree::SpecTree
• getSpectrumIndex() : pappso::masschroq::Precursor, pappso::MassSpectrumId
• getSpectrumIndexFromScanNumber() : pappso::MsRunReaderScanNumberMultiMap
• getStaticModificationList() : pappso::cbor::psm::SageReader
• getSubGroupNumber() : pappso::GrpProtein, pappso::GrpSubGroup
• getSubGroupSet() : pappso::GrpMapPeptideToSubGroupSet
• getSubGroupSpList() : pappso::GrpGroup
• getSwitchValue() : pappso::SwitchWidget
• getSymetricMz() : pappso::specglob::ExperimentalSpectrum
• getTargetMzSum() : pappso::specglob::ExperimentalSpectrum
• getTheoreticalIonMassList() : pappso::specglob::PeptideModel
• getTheoreticalPeakDataPointList() : pappso::specglob::PeptideModel
• getTheoreticalPeakDataPointListToString() : pappso::specglob::PeptideModel
• getThreshold() : pappso::FilterLowIntensitySignalRemoval
• getThresholdX() : pappso::FilterResampleKeepGreater
• getTicChromatogram() : pappso::MsRunReader, pappso::MsRunReaderTicChromatogram, pappso::TimsData, pappso::TimsMsRunReaderBase, pappso::TimsMsRunReaderMs2
• getTicStart() : pappso::TraceDetectionMoulon
• getTicStop() : pappso::TraceDetectionMoulon
• getTimsBinDecPtr() : pappso::TimsData
• getTimsDataDirectory() : pappso::TimsData
• getTimsDataFastMapInstance() : pappso::TimsDataFastMap
• getTimsDataSPtr() : pappso::TimsMsRunReaderBase, pappso::TimsMsRunReaderMs2
• getTimsDdaPrecursorsPtr() : pappso::TimsData
• getTimsDiaSlicesPtr() : pappso::TimsData
• getTimsFrameBaseCstSPtr() : pappso::TimsData
• getTimsFrameBaseCstSPtrCached() : pappso::TimsData
• getTimsFrameCstSPtr() : pappso::TimsData
• getTimsFrameCstSPtrCached() : pappso::TimsData
• getTimsFrameFromRawDataChunck() : pappso::TimsBinDec
• getTimsFrameRecordList() : pappso::TimsData
• getTimsFrameSPtrByOffset() : pappso::TimsBinDec
• getTimsMS1FrameIdsInRtRange() : pappso::TimsData
• getTimsMS2FrameIdsInRtRange() : pappso::TimsData
• getTofFromTofIndex() : pappso::MzCalibrationInterface
• getTofIndexFromMz() : pappso::MzCalibrationInterface, pappso::MzCalibrationModel1
• getTofIndexList() : pappso::TimsDataFastMap, pappso::TimsFrameMobilityTraces
• getTopMostPoint() : pappso::IntegrationScope, pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRect, pappso::IntegrationScopeRhomb, pappso::SelectionPolygon
• getTopMostPoints() : pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb
• getTotalCount() : pappso::MsRunSimpleStatistics
• getTotalIntensity() : pappso::PsmFeatures
• getTotalIntensityOfMatchedIonComplementPairs() : pappso::PsmFeatures
• getTotalIntensityOfMatchedIons() : pappso::PsmFeatures
• getTotalMatchedIons() : pappso::XtandemHyperscoreBis
• getTotalModificationMass() : pappso::Aa
• getTotalNumberOfFrames() : pappso::TimsData
• getTotalNumberOfScans() : pappso::TimsData, pappso::TimsFrameBase
• getTotalPrecursorCount() : pappso::TimsDdaPrecursors
• getTotalScanCount() : pappso::TimsData
• getTotalSlicesCount() : pappso::TimsDiaSlices
• getTrace() : pappso::specself::SelfSpectrum
• getTraceDetectionInterfaceCstSPtr() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• getTraceFromTofIndexIntensityMap() : pappso::TimsFrameBase
• getTsvFilePath() : pappso::cbor::psm::SageReader
• getUnimodUrl() : pappso::HttpButton
• getValue() : pappso::FilterRemoveY, pappso::ProjectParameters
• getValueRangeOnKeyRange() : pappso::BaseTracePlotWidget
• getValuesX() : pappso::BaseTracePlotWidget
• getValuesY() : pappso::BaseTracePlotWidget
• getVariableModificationList() : pappso::cbor::psm::SageReader
• getVersion() : pappso::masschroq::Utils, pappso::Utils
• getVoltageTransformation() : pappso::TimsFrameBase
• getWidth() : pappso::IntegrationScope, pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRhomb
• getWindowGroupPtrByGroupId() : pappso::TimsDiaSlices::MsMsWindowGroupList
• getWindowValue() : pappso::FilterMorphoMax, pappso::FilterMorphoMean, pappso::FilterMorphoMedian, pappso::FilterMorphoMin, pappso::FilterMorphoSum, pappso::FilterMorphoWindowBase
• getXicCoordSPtr() : pappso::masschroq::Precursor
• getXicCoordTimsFromPrecursorId() : pappso::TimsDdaPrecursors
• getXicCstSPtr() : pappso::QualifiedXic, pappso::XicWidget
• getXicExtractionLowerPrecisionPtr() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• getXicExtractionMeanPrecisionPtr() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• getXicExtractionMzRange() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• getXicExtractionRtRange() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• getXicExtractionUppersPrecisionPtr() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• getXicExtractMethod() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• getXicFilter() : pappso::masschroq::QuantificationMethod
• getXicFromPwizMSDataFile() : pappso::MsRunXicExtractor
• getXicSPtr() : pappso::QualifiedXic
• getXmlId() : pappso::MsRunId
• getXrefOrigin() : pappso::AaModification
• getXtandemPredictedIonIntensityFactor() : pappso::XtandemHyperscore, pappso::XtandemHyperscoreBis
• getYatX() : pappso::BaseTracePlotWidget
• getYfromX() : pappso::LinearRegression
• GraphicDeviceWidget() : GraphicDeviceWidget
• groupingProtein() : pappso::GrpGroupingMonitor, pappso::GrpGroupingMonitorInterface
• GrpExperiment() : pappso::GrpExperiment
• GrpGroup() : pappso::GrpGroup
• GrpGroupingMonitor() : pappso::GrpGroupingMonitor
• GrpMapPeptideToGroup() : pappso::GrpMapPeptideToGroup
• GrpMapPeptideToSubGroupSet() : pappso::GrpMapPeptideToSubGroupSet
• GrpPeptide() : pappso::GrpPeptide
• GrpPeptideSet() : pappso::GrpPeptideSet
• GrpProtein() : pappso::GrpProtein
• GrpSubGroup() : pappso::GrpSubGroup
• GrpSubGroupSet() : pappso::GrpSubGroupSet
• guessAaModificationPbyMonoisotopicMassDelta() : pappso::Utils
• guessParametersFromMsRunReader() : pappso::TraceDetectionZivy