- c -

• calculateDragDeltas() : pappso::BasePlotWidget
• calculateMassFromChemicalComponents() : pappso::AaModification
• CborOutputStream() : pappso::masschroq::CborOutputStream
• CborScanMapBase() : pappso::cbor::psm::CborScanMapBase
• CborStreamReader() : pappso::cbor::CborStreamReader
• CborStreamReaderInterface() : pappso::cbor::CborStreamReaderInterface
• CborStreamWriter() : pappso::cbor::CborStreamWriter
• check() : pappso::GrpGroup, pappso::GrpMapPeptideToSubGroupSet
• checkForAaModification() : pappso::specglob::PeptideModel
• checkForAaModificationP() : pappso::specglob::PeptideModel
• checkForMutation() : pappso::specglob::PeptideModel
• checkForMutations() : pappso::specglob::PeptideModel
• checkInf() : pappso::cbor::psm::PsmFeaturesScan
• checkScanNum() : pappso::TimsFrameBase
• checkXtandemVersion() : pappso::TandemWrapperRun
• ChemicalFormula() : pappso::ChemicalFormula
• chronoIntervalDebugString() : pappso::Utils
• chronoTimePointDebugString() : pappso::Utils
• clear() : pappso::GrpMapPeptideToGroup, pappso::masschroq::PeptideMeasurementsBase, pappso::MsRunQualifiedSpectrumLoader, pappso::MsRunSlice, pappso::QCPXic, pappso::spectree::SpecXtractMap, pappso::TimsDataFastMap, pappso::XicWidget
• clearData() : pappso::MassSpectrumWidget, pappso::QCPSpectrum
• clearGraphData() : pappso::BaseTracePlotWidget
• clearMeasurements() : pappso::masschroq::MsRunPeptideList
• clearScanBuffer() : pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcess
• clearTerm() : pappso::OboPsiModTerm
• clearXicPeakBorders() : pappso::QCPXic, pappso::XicWidget
• clicked() : pappso::XicWidget
• clone() : pappso::ExceptionInterrupted, pappso::ExceptionNotFound, pappso::ExceptionNotImplemented, pappso::ExceptionNotPossible, pappso::ExceptionNotRecognized, pappso::ExceptionOutOfRange, pappso::PappsoException, pappso::XtandemError
• cloneElement() : pappso::XmlStreamReaderInterface
• cloneMassSpectrumSPtr() : pappso::QualifiedMassSpectrum
• cloneNode() : pappso::XmlStreamReaderInterface
• cloneStartElement() : pappso::XmlStreamReaderInterface
• close() : pappso::cbor::psm::PsmCbor2Json, pappso::cbor::psm::PsmFileAppend, pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase, pappso::cbor::psm::PsmFileScanProcessAndCopy, pappso::FastaFileIndexer, pappso::FastaFileIndexerInterface, pappso::masschroq::CborOutputStream, pappso::MgfOutput, pappso::MzxmlOutput
• closeLinearRead() : pappso::TimsBinDec
• code() : pappso::AaStringCodec
• codeLlc() : pappso::AaStringCodec
• codeOnlyContains() : pappso::AaStringCodec
• collectPeptideMs2RetentionTime() : pappso::masschroq::MsRunPeptideList
• collectPeptidePeakRetentionTime() : pappso::masschroq::MsRunPeptideList
• ColorMapPlotConfig() : pappso::ColorMapPlotConfig
• combine() : pappso::MassDataCombinerInterface, pappso::MassSpectrumMinusCombiner, pappso::MassSpectrumPlusCombiner, pappso::TraceMinusCombiner, pappso::TracePlusCombiner
• combineScansInTofIndexIntensityMap() : pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameBase
• combineScansToTraceWithDowngradedMzResolution() : pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameBase
• combineScansToTraceWithDowngradedMzResolution2() : pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameBase
• comma() : pappso::cbor::JsonStreamWriter
• computeBestChargeOfDataPoint() : pappso::FilterChargeDeconvolution
• computeCondition() : pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• computeConsensusRetentionTime() : pappso::masschroq::Peptide
• computeCorrections() : pappso::IonMobilityGrid
• computeIsotopeDeconvolution() : pappso::FilterChargeDeconvolution
• computeIsotopeMassList() : pappso::MassSpectrumWidget
• computeIsotopologues() : pappso::masschroq::JsonInput, pappso::masschroq::Peptide, pappso::masschroq::PeptideBase
• computeMinMaxCoordinates() : pappso::SelectionPolygon
• computePeptideCodeFragments() : pappso::ProteinIntegerCode
• computeResolvingPower() : pappso::MassSpecTracePlotWidget
• computeSeamarks() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• computeTicChromatogram() : pappso::TimsFramesMsRunReader
• computeXtandemHyperscore() : pappso::XtandemHyperscoreBis
• contains() : pappso::GrpPeptideSet, pappso::GrpSubGroupSet, pappso::IntegrationScope, pappso::IntegrationScopeBase, pappso::IntegrationScopeRect, pappso::IntegrationScopeRhomb, pappso::masschroq::MsRunGroup, pappso::MzRange, pappso::PeptideSpectrumMatch, pappso::SelectionPolygon
• containsAll() : pappso::GrpPeptideSet
• ContainsAny() : ContainsAny
• containsAny() : pappso::GrpGroup, pappso::GrpPeptideSet
• containsRt() : pappso::TracePeak
• containsX() : pappso::Trace
• convertOrginalMsData2mzXmlData() : pappso::TandemWrapperRun
• convertTo1D() : pappso::SelectionPolygon
• convlv() : pappso::FilterSavitzkyGolay
• convolution() : pappso::ProteinIntegerCode, pappso::ProteinPresenceAbsenceMatrix
• convolutionKernel() : pappso::ProteinIntegerCode, pappso::ProteinPresenceAbsenceMatrix
• copyAndLzfDecompress() : pappso::TimsFrameType1
• copyDeep() : pappso::specglob::PeptideModel
• copyPoint() : pappso::SelectionPolygon
• correctAlign() : pappso::specpeptidoms::SemiGlobalAlignment
• CorrectionTree() : pappso::specpeptidoms::CorrectionTree
• correctNewTimeValues() : pappso::MsRunRetentionTime< T >
• correctPeakIndexes() : pappso::specpeptidoms::SpOMSSpectrum
• CosineSimilarity() : pappso::CosineSimilarity
• count() : pappso::UiMonitorInterface, pappso::UiMonitorText, pappso::UiMonitorTextPercent, pappso::UiMonitorVoid
• countMatchedIonComplementPairs() : pappso::PsmFeatures
• countModificationOnAa() : pappso::Peptide
• countPlus() : pappso::GrpProtein
• countTotalMatchedIons() : pappso::PeptideSpectrumMatch
• craftLineParserRegExp() : pappso::BafAsciiMsRunReader
• craftLineParserRegExpPattern() : pappso::BafAsciiMsRunReader
• createAllAncillaryItems() : pappso::BasePlotWidget
• createArbitraryBins() : pappso::MzIntegrationParams
• createBins() : pappso::MzIntegrationParams
• createDataBasedBins() : pappso::MzIntegrationParams
• createInstance() : pappso::AaModification
• createInstanceC13N15LabelledAminoAcid() : pappso::AaModification
• createInstanceMutation() : pappso::AaModification
• createSymetricPeakList() : pappso::specglob::ExperimentalSpectrum
• cumulateScan() : pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameType1
• cumulateScan2() : pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameType1
• cumulateScanIntensities() : pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameBase
• cumulateScanRangeIntensities() : pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameBase
• cumulateScansToTrace() : pappso::TimsFrame, pappso::TimsFrameBase
• currentProteinRefListContainsDecoy() : pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase
• currentProteinRefListContainsTarget() : pappso::cbor::psm::PsmFileReaderBase
• currentXaxisRangeIndices() : pappso::BaseColorMapPlotWidget
• currentYaxisRangeIndices() : pappso::BaseColorMapPlotWidget